とある孤島で生活をする二人の男と一人の女。「ニコニコ人生センター」という宗教的な団体に所属している3人は、「孤島のプログラム」と呼ばれる無人島での共同生活を送り、安住の地へ行ける日に思いを馳せていた。3人は本名を捨て、男の1人(磯村勇斗)は「オペレーター」、女(北村優衣)は「副議長」、もう1人の男(宇野祥平)は「議長」と名乗り、互いにそう呼び合っている。笑顔を表す顔文字のようなものがプリントされた揃いのTシャツを着て、毎日決められた「プログラム」に従って、規則正しい生活を送っていた。起床すると地面に腰を下ろし、それぞれの脚を伸ばし三角形を描くように足裏を合わせ瞑想。その後、簡素な朝食を囲み、それぞれ昨晩に見た夢の内容を報告しあう。かと思えば、今度はお互い頭に浮かんだ記号をホワイトボードに書き付け、そのイメージが通じ合っているかを確かめるテレパシーの実験のようなことを始め出す。
幼い頃に両親を亡くし、育ててくれた祖父をも失った波(清水尋也)は、祖父のある言葉だけを胸にしまい世界から心を閉ざしていた。しかし、志村(門下秀太郎)と長岡(田中偉登)と出会い、次第に心を通わしていく。高校最後の思い出に、三人はヒッチハイクで北を目指す旅に出て、忘れがたい時を過ごす。そんな中、波が忽然と姿を消してしまい、歯車が大きく狂い出す。あれから4年の月日が経とうとしていた……。波は何故、そして一体どこへ?それぞれがもがき苦しんだ果てに、掴んだ景色とは……?
高校時代に水泳部として共に切磋琢磨し合い、25歳となった坂井学、福井利明、辻岡光司、倉持綾、山下ゆかりの5人。7年ぶりに再会した彼らであったが、高校時代に親の事情で三浦の街を離れざるを得なかったゆかりをめぐり、学と福井は感情を露わにし言い争いになる。夢、恋愛、運命に翻弄されながら大人になった彼らは、何を選択し、それぞれの人生をどう生きていくのか。
過疎地で刀鍛冶を営む森国義は妻・佳子と息子・亀吉、そして重度の障がいを持つ娘・みさととつつましく暮らしていた。佳子は溺愛する亀吉の受験を優先させ、みさとを離れに移す。亀吉は受験のストレスから、夜な夜な離れで暮らすみさとに性的な虐待を加えだす。それを住み込み職人に見咎められ、転落事故を起こして半植物状態に。この事件を機に一家の歯車は可及的に狂いだしていく。