この世に邪悪がはびこるとき、必ずや現れるという希望の闘士・聖闘士（セイント）。彼らは神話の時代から大地を守ってきた女神アテナに仕え、武器を嫌うアテナのために、拳をもって多くの邪悪と戦い続けてきた。アテナは彼らに、天空に輝く８８の星座をかたどった聖衣（クロス）と呼ばれる防具を与えた…。時は過ぎ、聖闘士が現代によみがえった。聖闘士になるため、ギリシアの聖域（サンクチュアリ）で修行していたペガサスの聖闘士・星矢は、聖衣を手に入れて日本に帰国する。彼を待っていたのは、グラード財団が企画した銀河戦争（ギャラクシアンウォーズ）と呼ばれる聖闘士同士の戦いだった。戦いに疑問を抱きながらも、姉を捜し出すため、星矢は共に育った仲間である紫龍や氷河や瞬と戦うことになる。そこへ一輝率いる暗黒聖闘士が乱入してきた。大地を狙う邪悪との戦いが始まったのだ！
海皇ポセイドンとの戦いも終わり、世界はひと時の平穏を取り戻していた。だが、大地を狙う邪悪の影は、すぐそこにまで忍び寄っていた。聖域(サンクチュアリ)にある聖闘士たちの墓が荒らされ、白羊宮を守護する黄金聖闘士(ゴールドセイント)・牡羊座アリエスのムウの前に、謎の侵入者が現れたのだ。そのうえ、かつての戦いで死んだはずの黄金聖闘士が、黒き鎧をまとった敵となって姿を見せる。すべては死者の世界である冥界をつかさどる、冥王ハーデスの仕業だった！冥王に忠誠を誓った黄金聖闘士たちは、冥衣(サープリス)を身に着けて冥闘士(スペクター)となり、アテナを狙って十二宮を駆ける。星矢たちは彼らを食い止めるため、ポセイドンとの激戦の傷が癒えぬまま、小宇宙(コスモ)を燃やして立ち上がるが…。
小宇宙は、神を超えるのか！！――冥王ハーデスとの死闘により力を失い、抜け殻となった星矢。アテナの姉にしてオリンポス十二神・月の女神アルテミスは、神に抗った星矢を葬り去ろうと、３人の天闘士を送り込む。彼らの前に沙織が立ちはだかり、アテナとしての地位を捨て、アルテミスに地上世界を受け渡すことを条件に星矢の命を救うのだった。そうして地上世界を支配したアルテミスは、汚れた人類を滅ぼそうと決意する。一方、女神の力を失った沙織は自らの血を流して人類を守ろうとする・・・。その時、決して動くはずのない星矢の指が動いた！
病死したボクサーの父の意思を継ぎ、チャンピオンを目指す姉弟・高嶺菊と竜児。父から天才的なボクシングセンスを受け継いだ菊の指導によって、竜児はファイターとして大きく成長してゆく。彼には辛い特訓に耐え、勝って勝って勝ち続けなければならない理由があった。一つはプロボクサーとなり、故郷に残してきた母親と暮らすこと。そしてもう一つは、宿命のライバル・剣崎順と決着をつけるためだ。コンツェルンの御曹司として生まれ、何一つ不自由のない環境で育ってきた剣崎は、ボクシングの才能においても生まれながらにして天才的だった。無敵を誇る彼が生まれて初めて出会った好敵手こそ、自分とは全く正反対の人生を歩んできた竜児だったのだ。運命のゴングは鳴った。誇りと夢と情熱の全てを賭けた闘いの火ぶたが、今、切って落とされる！病死したボクサーの父の意思を継ぎ、チャンピオンを目指す姉弟・高嶺菊と竜児。父から天才的なボクシングセンスを受け継いだ菊の指導によって、竜児はファイターとして大きく成長してゆく。彼には辛い特訓に耐え、勝って勝って勝ち続けなければならない理由があった。一つはプロボクサーとなり、故郷に残してきた母親と暮らすこと。そしてもう一つは、宿命のライバル・剣崎順と決着をつけるためだ。コンツェルンの御曹司として生まれ、何一つ不自由のない環境で育ってきた剣崎は、ボクシングの才能においても生まれながらにして天才的だった。無敵を誇る彼が生まれて初めて出会った好敵手こそ、自分とは全く正反対の人生を歩んできた竜児だったのだ。運命のゴングは鳴った。誇りと夢と情熱の全てを賭けた闘いの火ぶたが、今、切って落とされる！
誰よりも熱い小宇宙を燃やす青銅聖闘士（ブロンズセイント）の星矢たちは、十二宮での教皇サガ、北欧アスガルドを巻き込んだ海皇ポセイドンとの激闘を経て、２４３年前の聖戦で倒すことの出来なかった真の敵と対峙することになる。冥王ハーデスと１０８の魔星が復活したのだ。そして、死よりよみがえった黄金聖闘士たちが、かつて教皇だったシオンに率いられて十二宮を襲う。結果、アルデバランやシャカやアテナまでもが命を落としてしまった…。だが、事件の裏には意外な真相が隠されていた。死よりよみがえった黄金聖闘士たちは、冥王との戦いに不可欠なアテナの聖衣（クロス）の存在を知らせるために、己を偽ってハーデスの手先になっていたのだ。シオンに渡された女神の聖衣を届けるべく、星矢は冥界へと旅立つ！
チャンピオンカーニバルを終えた日本Ｊｒ．に、全米Ｊｒ．チャンピオンのブラック・シャフトが戦いを挑んできた！世界大会を前に行われる日米決戦は、ドイツやフランスやイタリアなど、世界中の選手たちからも注目されている。試合のために強化合宿を行う日本代表のメンバーたち。それぞれが競い、技に磨きをかける中で、日本Jr.チャンピオンの高嶺竜児は左肘に違和感を感じていた…。一方、ブラック・シャフトはアメリカ代表のメンバーを囚人や暴走族のリーダーなど、ボクシング選手以外から集めていた。彼は日本代表が才能を開花させる前にその芽を摘み取ろうと企み、勝利よりも抹殺を優先させようとしていたのだ。来る世界選手権において、自らが勝ち残るために。日米決戦の地は日本武道館。全てを賭けたスーパーブローがうなりを上げる！
冥界、それは冥王ハーデスが支配する死の世界。光なき嘆きの世界へ降り立った、星矢たち青銅聖闘士たちの戦いは激しさを増し、過酷な運命にすら翻弄されようとしていた。そこでは固い兄弟の絆でさえも永遠ではないのだ。瞬に憑依したハーデスは、一輝の小宇宙に懐かしさを感じてジュデッカへと赴く。弟を取り戻すため、ハーデスに戦いを挑む一輝。熱き不死鳥の小宇宙は冥王の心をも動かすが、驚愕の事実が明らかになる。“グレイテスト・エクリップス”が始まり、月が太陽を遮って地球を闇で覆いつくし始めたというのだ。世界の滅亡を阻止すべく、女神アテナもハーデスの前に現れるが…。
アテナによる封印を解き、復活を遂げた冥王・ハーデス。部下である冥闘士とアテナの聖闘士たちとの聖戦は、サンクチュアリから冥界へ、そして新たなる舞台へ移ろうとしていた。ハーデスを追い、地獄の最終地・嘆きの壁の先へ消えたアテナ。１２人の黄金聖闘士たちは自らの命を賭して、アテナの向かったエリシオンへの突破口を開く。エリシオンは神だけが踏み込むことを許される無限の野。静寂の地で星矢たちを待ち受けるのは、死の神タナトスと眠りの神ヒュプノスだ。圧倒的な力の前に屈するかに思えたその時、星矢たちの聖衣に奇跡が起きる！
やつらが血だまりの中からヒタヒタとやってきた！！闇の拳闘集団「影道」はその悲願を達成すべく日本ジュニアに挑戦状を叩き付けた！さらわれた菊を救出すべく影道の塔に乗り込んだ竜児を待ち受ける刺客たち。そして始まる黄金の日本ジュニアと影道一族の最終決戦。そんな中、剣崎と瓜二つの影道総帥が現れた。果たして剣崎と総帥の秘められた過去とはなにか？日本ボクシング界を揺るがす光と闇の闘いの行方は…！？
ジュニアボクシング世界大会が、いよいよ開幕！各国の強豪ひしめく顔ぶれの中には、ドイツ代表のヘルガなど見知った顔もある。竜児と剣崎率いる日本チームは、１、２回戦を順調に勝利。３回戦の対戦相手は、かつて死闘を繰りひろげた、シャフト率いるアメリカ代表チームだ！ところが、そのアメリカチームのメンバーが、謎の事故で重体に陥ってしまう。不戦勝で勝ち上がってきたのは、シシリアン・ダンディーの異名を持つドン・ジュリアーノ率いるイタリアチーム。彼らは日本チームに対し、卑劣な罠を仕掛けていた…。果たしてメインポールに揚がる旗はどの国か！？世界最強の称号をかけた、男達の死闘が始まる！
神話の時代から現代まで地上に邪悪が迫る時、必ず現れるという希望の闘士、聖闘士（セイント）。彼等は聖衣（クロス）と呼ばれる武具をまとい、地上を司る女神アテナを守り戦った。中でも最下級の青銅聖闘士でありながら幾度となくアテナを救ったペガサスの聖闘士、星矢、そして彼と友情を分かち合った仲間達の闘いは伝説として語り継がれた。時は流れ、かつて星矢によって封印された闘いの神にして火星の守護者・マルスの復活が迫っていた。一方、星矢によって命を救われた少年・光牙は、アテナこと城戸沙織によって育てられ、来る危機に備え聖闘士となる為の修行の日々を送っていた…自らの宿命を知らぬ光牙が己に秘められた力、小宇宙（コスモ）に目覚める時、新たなる聖闘士の伝説が幕を開ける！
冥界、ハーデスとの戦いの最中、星矢たちの突破口を切り開くため、自らの命を散らし、嘆きの壁を破壊した１２人の黄金聖闘士達！しかし、消滅したはずのアイオリアと黄金聖闘士たちは光溢れる世界、美しき地上で復活していた！消滅したはずの彼らが一体なぜ蘇ったのか？大きな謎が残る中、戦いに巻きこまれるアイオリア。彼の小宇宙が極限まで高まった時…レオの聖衣に変化が起こる！２０１５年、遂に黄金の小宇宙が蘇る！！
