3年前、異世界「きさらぎ駅」から奇跡の生還を果たした宮崎明日香（本田望結）。しかし、彼女の外見は20年前のまま――その異質な存在は、世間の冷たい視線と疑念に晒されることとなった。孤独と絶望に沈む明日香の前に現れたのは、ドキュメンタリーディレクターとして名を馳せる角中瞳（奥菜恵）。この運命的な出会いが、明日香の心に新たな決意を芽生えさせる。かつて命を懸けて救ってくれた堤春奈（恒松祐里）、そして異世界に取り残された者たち――彼らを助けるため、明日香は再び「きさらぎ駅」へと足を踏み入れる。果たして、彼女を待ち受けるのは救済か、それともさらなる絶望か。前作を凌駕する衝撃の展開に、あなたは息を呑む――！
恐怖のつぶやきが連鎖する・・・友達と２人で廃墟に行き「肝試し」をツイッターで実況していたＲは、「マジ、ヤバい。助けて」というつぶやきを最後に行方不明になっていた。ツイッターに関するドキュメンタリーを制作していた映画会社スタッフは、Ｒのフォロワーに取材を重ね、彼等が訪れたという元ホテルの廃墟を突き止める。廃墟を撮影したスタッフが目撃したのは・・・。
大学に通う内田桜（伊原六花）は引っ込み思案の性格でなかなか周りに溶けこめない生活を送っていた。幼馴染で同じ大学に通う真中聡（藤原大祐）がそんな桜を気分転換のために同じく幼馴染の華村希美（秋田汐梨）を誘い、旅行を兼ねてとある島にある旅館でアルバイトすることに。桜たちが働くことになった旅館は夫婦とフリーターの岩崎で営んでいた。ただ、旅館の主人・健介（坪内守）が足を怪我したことで桜たちをバイトとして雇うことなる。本格的なシーズン前でもあり、十分な休憩時間があった桜たちはリゾート地を楽しむことができ、その中で桜も自然と笑顔を取り戻してゆく。そんなある日、桜は女将の真樹子（佐伯日菜子）が毎晩、深夜にひっそりと廊下を歩き、食事を運んでいる姿を目撃し、言い知れぬ不安を抱く。それから数日後、夕食時に岩崎から桜たちは肝試しを提案される。その内容は桜が目撃した深夜に食事を運ぶ女将が向かうこの旅館の隠し部屋へ行くことであった。不安を感じる桜であったが、岩崎の強引さに負け、女将の後をつけて隠し部屋に向かうことになる。いつものように深夜に食事を運ぶ真樹子は壁に見える隠された扉を開けて中へ入ってゆくが、ものの5分も立たないうちにすぐに出てくる。しかし、女将が運んでいた食事は全て空に。その様子に違和感を覚える桜であったが、岩崎はさらにおもしろがり、二人一組で女将が向かった隠し扉から中へ入ることになってしまう。最初に桜と聡がその扉を開けて中へ入る。そこにはいきなり不気味な階段があり、怖がりの桜はそれ以上進むことに恐怖を覚えていると聡はそんな桜に気づき、一人で階段を昇ってゆく。この出来事により桜たちへ後戻りできない恐怖体験が始まる。
大学で民俗学を学ぶ堤春奈（恒松祐里）は、卒業論文で十数年来、ネットで現代版“神隠し”と話題になっている都市伝説「きさらぎ駅」を題材に取り上げることにした。リサーチの結果、「きさらぎ駅」の原点となった書き込みの投稿者『はすみ』ではないかとされる葉山純子（佐藤江梨子）という女性の存在を知る。ようやく純子への連絡先を知り、数ヵ月にわたりメールでやり取りした結果、春奈は遂に純子と会う約束を取り付ける。指定された場所は「きさらぎ駅」の舞台となった路線にある一軒家。春奈を出迎えた純子はどこか影のある雰囲気を持つ女性。部屋へ案内され、早速、ネットで噂される『はすみ』本人との真偽を確かめる春奈に対して、純子はどこか謎めいた笑いを浮かべながらも春奈からの問いかけに静かに頷く。続けて、純子から「きさらぎ駅」へたどり着いた経緯、その後の出来事などを聞いた。その内容は春奈には到底信じられるものではなかったが、純子の話の中で春奈はなぜ純子だけが「きさらぎ駅」へたどり着くことができたヒントに気づく。純子の別れた春奈は自然に「きさらぎ駅」の舞台となった遠州鉄道の駅へ向かう。この選択が春奈の運命を大きく狂わせることになってゆく。
『瓢箪事件』 不動産会社の物件紹介写真に、幽霊が写っていると噂が。スタッフが取材すると、その部屋がかつて２ちゃんねるで話題になったある部屋と酷似しており・・・。 『ヒサルキ』 妖怪なのか、幽霊なのか、はたまた・・・＜ヒサルキ＞にまつわるエピソードが数多くある中、スタッフはある女性が起こした事件を取材することに・・・。 『リゾートバイト』永江ディレクターの友人の監督が体験したという恐怖体験。スタッフはかつては旅館だったというその現場へと向かうのだが・・・。 『きさらぎ駅』きさらぎ駅にいる、と言ったきり消息をたった女性の行方を追う取材班。果たして、２ちゃんねるに書き込まれた数々の恐怖譚は真実なのか・・・。
『本当に危ないところを見つけてしまった』「友人がいなくなった」という書き込みを元に２ちゃんねらーたちが必死で捜索活動を展開したという伝説のスレッド。取材班はその場所を特定しようと奔走する。 『おつかれさま』「絶体に見てはいけない」と言うタイトルの画像を閲覧した人にお祓いを促す書き込み。それはお祓いではなく呪いの儀式だったというのだが・・・。 『異世界に行く方法』エレベーターで異世界へ行けるとして書き込まれた手順を取材班が実験。そこで一体何が起こるのか。 『鮫島事件』それだけは調べてはいけない、と言われる＜鮫島事件＞。２ちゃんねるの中でも諸説存在する中、果たして真実にたどり着くことはできるのか・・・。
『鮫島事件』親戚が自殺した原因を探るめぐみ。伝説の鮫島スレッドにいきついたのだが、そこには驚愕の真実が隠されていた。 『おつかれさま』旅行先で偶然撮影された心霊写真。パソコンのお祓いをしたのだが、唯一生き残ったのは、はるこだけだった。 『赤い部屋』放課後、残ってトイレ掃除をしていた美歩は「見ると連れて行かれてしまう」という「赤い部屋」の噂が書かれた落書きを発見してしまう。 『実況掲示板』心霊スポットになっている廃墟に侵入し、中の様子をケータイの掲示板サイトに書き込みをしながら肝試しをしていた多恵。この廃墟には、何者かが先に来ている形跡があった。 『きさらぎ駅』電車で寝過ごしてしまった弥生は、無人駅の「きさらぎ駅」という所へ来てしまう。２ちゃんねるで救いを求める弥生だったが駅舎の横には「鬼」という文字が・・・。 『ヒサルキ』オカルト雑誌編集者の寛子（愛葉るび）は公園で猫の惨殺死体を発見する。子供達に猫殺しの犯人といじめられていた女の子を助けると寛子はヒサルキという名前を聞く。子供にしか見る事のできないヒサルキとは一体！？
『お母さん』・・・愛子は隣の部屋から響いてくる奇妙な物音で目を覚ます。時計の針は午前２時を指していた。翌朝、母の千佳に声を掛けるも、この家に越してから様子がおかしく、無表情で反応がない。その夜、またも隣の部屋から奇妙な物音を耳にした愛子が、隣の部屋をそっと覗くと・・・。■『山ガール』・・・山道で遭難しかけたさと子は、奇跡的に小さな山小屋を発見し助けを求め入るも人がない。寂れた台所にはお菓子やジュースが置かれ、ふと流しに目をやると、そこは血まみれで人の肉片らしきものがこびりついていて・・・。
『１２年後』・・・琴美が目を覚ますとそこは病室のベッドの上。身体には無数の医療器具がつながれ、異変に動揺し助けを求めるが人の気配が全くない。ふとベッドに置かれていたカルテを見ると、１２年もの間眠っていたことに気付く。その時、琴美の背後に・・・。■『同窓会』・・・高校卒業から１０年。同窓会のニ次会でミキの家にやってきた幼馴染のたかしと、当時はあまり話したことがなかったが一次会で意気投合した細井。ミキは卒業アルバムをひっぱり出し、細井を捜すがどこにも名前がなく・・・。■『髪の長い女』・・・深夜２時。隣の家のドアを何度もノックする音が聞こえる。うるささのあまり寝付けなくなった久美は、玄関から様子をうかがうと、隣の家を叩く髪の長い不気味な女が立っていて・・・。■『ＲＥＣ』・・・真夜中の廃校にやってきた若者４人組。過去に惨殺事件があったとされる教室に辿り着いた４人はそこで奇妙なうめき声を耳にする。恐怖のあまりとっさに廊下に出るが、その時、何者かが物凄い形相で襲い掛かってきて・・・。
決して調べてはいけない。鮫島事件だけは・・・。鮫島事件とは、２ちゃんねらー同士が「語ってはいけない」という設定で架空の事件について語りあい、楽しむジョークだと思われていた。しかし、『鮫島事件の真相を知りたい』といつもの様に書き込まれたスレットには『しかたない、それでは本当の事をお教えしましょう・・・』と鮫島事件についての詳細が語られ始めた。その内容とは・・・。
身の毛もよだつ呪い、都市伝説、怪事件。あなたの身にも起こりうる恐怖譚。「私・・・・・・メリーさん」と、勝也にかかってきた電話。勝也はオカルト板の住人達と、ひと昔前の怪談ブームで聞いた話だとバカにしていたのだが、その声は日に日に駅前から家の前、そして部屋の前へと、、勝也に近づいてくる。メリーさんの目的とは一体！？
身の毛もよだつ呪い、都市伝説、怪事件。あなたの身にも起こりうる恐怖譚。親戚が自殺した原因を探るめぐみ。伝説の鮫島スレッドにいきついたのだが、そこには驚愕の真実が隠されていた。
