世界を滅ぼそうとする凶悪デジモン・アルゴモンの強大なパワーによって、大たち人間が蔦に捕らわれ、永遠の眠りについてしまった！ゴブリモンに襲われていた謎の美少女・リズムを救出したアグモンたちは、彼女とともに大たちを救うため、アルゴモンの城へ向かう。だが、そこにはアルゴモンの手下で強大なデジモン、オーガモンとピスモンが待ち構えていた！パートナーがいない今、アグモンたちに勝機はあるのか！？大たちを、世界を、深い眠りから目覚めさせることはできるのか！？
ある日、工藤タイキは不思議なメロディを聞く。そして、今にも力尽きそうな誰かの息づかいと、助けを呼ぶ声…。「俺には、放っとけない！」タイキの心と声の主・シャウトモンの心が結ばれた時、謎のデバイス・デジモンクロスローダーが現れた！ 消え入りそうなシャウトモンのメロディがクロスローダーに吸収され、タイキは異世界へと引きずり込まれてしまう。
３度の飯よりケンカが好きな少年・大門大。ある日、大の前に、恐竜のような姿をした奇妙な生物が現れる。その奇妙な生物・アグモンは、異世界であるデジタルワールドからやって来たデジタルモンスターだった！大とアグモンは、ケンカを通じて意気投合。ところが、アグモンはデジモン事件の捜査組織・ＤＡＴＳ（ダット）から追われている、はぐれデジモンだった。追われる大とアグモンの前に、成熟期デジモン・コカトリモンが出現。コカトリモンに一撃を加えた大の拳に、デジソウルが宿る。大のデジソウルを受け取ったアグモンは、ジオグレイモンに進化してコカトリモンを倒す。その様子を見たＤＡＴＳの司令官・薩摩は、大とアグモンをＤＡＴＳにスカウト。かくして、ケンカ番長・大門大は、アグモンと共に人間界に迫る脅威に立ち向かうことになる！
小学５年生の神原拓也は、弟の誕生日の日に携帯へ“未来を決めるゲーム”という謎のメールを受け取る。直感的にそのメールに何かを感じた拓也は指示通り駅に向かった。その途中、同じメールを受け取った謎の少年と共に、拓也は地下にある謎の電車へと乗り込む。電車の中には卓也のほかに、織本泉、柴山純平、氷見友樹という３人の子供たちも乗っていた。やがて電車は異世界であるデジタルワールドへと到着する。電車の正体はトレイルモンというデジモンだったのだ。到着した場所で眠っていた火のスピリットに選ばれた拓也は、火の闘士・アグニモンへと“スピリットエボリューション”する。デジモンへと進化する能力を手に入れ、伝説の十闘士の一人となった拓也。こうして泉、純平、友樹に加えて、そこで出会ったボコモンとネーモン、そして謎の少年・源輝二と共に、デジタルワールドを旅する冒険が始まる。
どこにでもいるごく普通のデジモン大好き少年だったタカト。そんなタカトが見つけた青いカードは、カードリーダーを本物のデジヴァイスに変える不思議な力を秘めていた。画面に映るデジモンのタマゴ・デジタマをドキドキしながら見守るタカト。しかし次の日の朝、タカトが見たものはすでに割れてしまった空っぽのデジタマだった。それでもデジモンの誕生を信じ、生まれたはずのデジモンを自分から探しに行くタカト。そしてタカトは、空から降りてきた光の下で夢見ていた本物のデジモンに出会う！タカトの想像したとおりの姿で生まれてきたタカトだけのデジモン『ギルモン』に。「僕が、僕が考えたんだよ、君は……」ギルモンと出会えたことに素直な喜びを感じ、失敗したり落ち込んだりしながらも一生懸命ギルモンの世話を続けるタカト。好奇心いっぱいの行動でときにはまわりを驚かせながらも、無邪気にタカトを慕うギルモン。そんな２人の二人三脚の冒険は今やっと始まったばかり。はたしてこれから２人をどんな事件が待ちうけているのだろうか……！？
あの夏の日から３年。太一たち８人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこにデジモンカイザーと名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのＳＯＳが届き、３本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた５人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった！
サマーキャンプにいた７人は何も知らずにいた。それが誰も知らない世界への冒険のはじまりになることを……。洪水。干ばつ。真夏にふる雪……。世界中がおかしかったその年の夏。サマーキャンプに来ていた太一たち７人の少年少女は、日本では見えるはずのないオーロラから飛来した謎の機械の力によって異世界デジタルワールドに吸い込まれてしまう。謎と危険に満ちたその世界で彼らを待っていたのは、なぜか太一たちの名前を知る奇妙な生物、デジタルモンスターだった。世界を狂わせる黒い歯車。次々と襲いかかる強大な敵。戦いの中で進化するデジモンたちの火花散る熱いバトル!! はたして太一たち７人の少年少女は無事に元の世界に帰ることが出来るのだろうか？そしてデジタルワールドに隠された大いなる秘密とは……!?
