女手一つで娘を育てるチエは、保険会社に勤めながら二人の生活と娘の夢を支えていた。ある日、チエに脳腫瘍が見つかったことで仕事が続けられなくなり、さらにそのタイミングで娘の妊娠が発覚する。残りわずかの自分の命と、娘たちの未来を天秤にかけ、チエは悪の組織がVIP客向けに開催している賭け試合にファイターとして出場することを決意する。勝てば大金が手に入るが、最悪の場合、命を落とすこともある危険なファイター稼業。果たして、チエの勝負の行方は―
嘉永元年（１８４８年）兄の仇を追って旅する彦十郎は、旅先で出会った浪人から剣術を指南してもらうことになる。人を斬れるまでに腕を上げた彦十郎は、刀の鍔から浪人こそが仇だったと知り、２人は壮絶な死闘を繰り広げる。そして、彦十郎は浪人を倒すが、同時に息絶えてしまった。２人の魂は、やがて時空を超えて転生し、戦い続ける運命となる。
総合武術“無限我流”の伝承者である虎丸は、一年間の修行の旅を終え、師匠・源斎の元を訪れる。「日本中のあらゆる武道家たちと果たし合いを行い、勝利とともにその達人たちが持つ“奥義書”を手にすること」と源斎の命を受けた虎丸は、日本中を流浪し、戦いの日々を重ねていたのであった。無限我流の基本理念である“敵を知るには、まず食を知ること”を実践し・・・。
民衆を煽り幕府への謀反を企む怪しげな新興宗教・白蓮教を調査していた狐の集団の当主・石動律花（山本千尋）。そこで律花は、将軍からの任務を受けて現れた風魔忍者のお喬（宮原華音）と出会う。 律花とお喬たちが立ち向かうべき敵は同じ、徳川家に恨みを持ち復興を願う、服部半蔵（ケイン・コスギ）率いる伊賀忍者たちであった！！その背後には幕府に復讐を誓うある人物の哀しい過去があって・・・。BLACKFOXの世界とSHOGUN’S NINJAの世界が交わる。狐の集団 VS 風魔忍者 VS 伊賀忍者の忍者大戦＝NINJA WARSが幕を開ける！！
