2036年の荒廃したカリフォルニア。人里離れた山奥で孤独に暮らすアレクサンダーは、謎の男からの手紙を受け取る。そこには「弟よ、帰ってこい」と書かれていた。しかし兄のエドウィンはやむなく人を殺し、村の掟で10年前に処刑されたはずだった。まさかと思いながらも、その言葉に何か真実を感じたアレクサンダーは、雪深い荒野を越える過酷な旅に出る。そして遂に故郷へたどり着くと、そこにはかつてのように賑わう村があり、兄が妻のケイトや村人たちと幸せに暮らしていた。戸惑いつつも再会を喜び合うが、兄は処刑直前にアレクサンダーの手引きで逃げ延びていたと言い、自身の記憶との違いに混乱する。
末期ガンに侵された考古学者スタンフォード博士は、自らの命を救うため、フェニキア神話に語られる嵐の神“バアル”の神具である護符の1つを掘り起こしてしまう。その瞬間、北極上空に異常な巨大嵐が発生。封じられていたバアルの力が目を覚まし、超自然の嵐が世界を次々と襲いはじめた。考古学者ヘルムは博士に警告するが、博士は護符の捜索に取り憑かれたように突き進む。やがて第2、第3の護符が発掘されるたび、新たな巨大嵐が世界を飲み込み、大都市は次々と壊滅していく。人類を滅亡から救えるのは、最後の護符を見つけ出すことだけ。ヘルムは第4の護符の行方を追い、時間との戦いに挑む。
宇宙船レベレーターに乗り込み、資源回収を行うウェイクたち。戦闘宙域にやって来た彼らは、とある不審船から異質なエネルギーを放つ謎の物体を発見し、危険に犯されながらも回収に成功する。しかしウェイクの元仲間で、今や宿敵と化したジェケルの船によって、その事実を察知されてしまう。ジェケルは長年、珍しいエネルギーを放出し、エイリアンが築いた宇宙の英知の結晶とされている物体“カオス・ジェネレーター”を探し求めていた。ウェイクに先を越されたジェケルは、力ずくでカオス・ジェネレーターを奪おうと攻撃を開始するのだが…。
5歳の愛娘を何者かに殺されたライアン。捜査に当たる警察はなかなか犯人を挙げることもできず、彼の苛立ちは募るばかり。ある日、犬を連れて近所を散歩していたライアンは、近所の一軒の家で犬が激しく吠え立てたのを見て、この家に住む男こそが娘の命を奪ったのではと直感し、通報する。担当刑事は家宅捜査を行うが、証拠は全く出ず、ライアンは逆にたしなめられてしまう。だが、男が犯人と確信したライアンは、その日から彼を監視する毎日。あまりの執着ぶりに妻のジェシーは家を出てしまう。ライアンはそれでも一人監視を続け、ついに自らの手で制裁しようと企てる。その頃、近隣で新たに5歳の少女が失踪する事件が発生する。
