広東の武術一家に育った少女イーイーは、父親の無残な死のショックから立ち直れず失意の日々を送っていた。幼馴染のチョンに勧められ、共に香港に移った彼女は富豪ハーのボディガードとして働くことになる。だが勤務の初日、武術に長けた集団に襲われ、ハー夫婦が誘拐されてしまう。ハーに忠誠を誓ったイーイーは夫婦の救出に乗り出し、次から次へと現れる強敵を倒していく。しかし、その先に待ち受けていたのは凶悪裏組織の陰謀と思いがけない裏切りだった。
民衆を煽り幕府への謀反を企む怪しげな新興宗教・白蓮教を調査していた狐の集団の当主・石動律花（山本千尋）。そこで律花は、将軍からの任務を受けて現れた風魔忍者のお喬（宮原華音）と出会う。 律花とお喬たちが立ち向かうべき敵は同じ、徳川家に恨みを持ち復興を願う、服部半蔵（ケイン・コスギ）率いる伊賀忍者たちであった！！その背後には幕府に復讐を誓うある人物の哀しい過去があって・・・。BLACKFOXの世界とSHOGUN’S NINJAの世界が交わる。狐の集団 VS 風魔忍者 VS 伊賀忍者の忍者大戦＝NINJA WARSが幕を開ける！！
