１７歳のユウは、いつも川辺でギターを弾いている同級生のヨースケに秘かな想いを寄せいていた。ヨースケが同じところばかり弾いていた為、いつのまにかユウもそのフレーズを覚えてしまった。しかし素直に想いを伝えられないユウ。一方ヨースケは、事故で大切な人を亡くしたユウの姉のことが気になっていた。やがてある哀しい出来事がそんなユウとヨースケを引き離す。それから１７年、３４歳のヨースケとユウは、東京で偶然再会するのだが・・・。
植村一也は、沖縄美ら海水族館にやってきたばかりの新米獣医師。調餌（イルカの餌作り）やプール掃除など飼育員の仕事もこなしながらイルカについて知っていく、という館長の方針に基づき植村は獣医にも関わらず 飼育員の仕事も忙しくやっていた。忙しい夏休みも終わり仕事も一段落したころ、ビッグマザーと呼ばれる３頭の子を産んだ母イルカのフジに異変が起こっていた。尾びれが壊死していたのだ。原因不明の尾びれの壊死。薬も効かない。このままではフジが死んでしまう。新米獣医の植村は尾びれを切り落とすことを決意した。尾びれの４分の３を失ったビッグマザーフジは一命は取り留めたが、泳ぐことができなくなっていた。館長の知り合いの孫であるミチルという少女は、泳げなくなったフジを見て「泳げないイルカはイルカじゃない」と植村に言い捨てる。ここで再び植村が立ち上がった。再びフジに泳いでもらいたい、フジに宙（そら）を飛んで欲しい。世界初のイルカの人工尾びれ開発プロジェクトが始まった。
「何事もつつみ隠さず、タブーをつくらず、できるだけすべてのことを分かち合う。それが私たち家族の決まり」高度経済成長期に造られたニュータウンも今や「ダンチ」と呼ばれる集合住宅にすぎなくなっていた。京橋家の人々は“家族間では秘密をつくらない”という自分たちでつくったルールを守ることもできず、それぞれ誰にも言えない秘密を持っていた――。娘のマナは、学校をサボタージュし「ディズカバリーセンター」を呼ばれる巨大ショッピングセンターで時間を過ごし、時には見知らぬ男性とラブホテルに向かう。弟のコウもまた、学校に行っていないようだし、父・貴史は浮気に忙しく、長年の恋人・飯塚にストーカーまがいに付きまとわれたり、新しい恋人ミーナの若さに振り回されている。妻・絵里子もベランダのガーデニングに丹精を込めつつも、内心、母・さと子とのこれまでの関係に悩み、また、自分がかつてひきこもりの少女であった事実をトラウマとして抱え、生きている。ルールを言い出した彼女ですら、「わたしには、家族にたったひとつだけ秘密がある」――。ふとしたきっかけから、ミーナがコウの家庭教師として京橋家に乗り込んできた！“存在するはずのないお互いの秘密が暴露されはじめて・・・・・・・。
