2039年のニューヨーク。酸素がほとんどなくなった地球上からは植物が消え、人間は酸素マスク無しでは生きられなくなっていた。母親のマヤと娘のゾラは夫のダリウスが地球の気候変動を予測して作ったシェルターで暮らしていた。ある日、ダリウスは事故で命を落とした父親の埋葬にため家を出たきり音信不通となってしまう。ダリウスの帰りを待つ二人のもとに、謎の男女が訪れてきた。彼らは夫の知り合いだという。夫ダリウスと共に、酸素発生機を研究していた仲間だと主張する女は、仲間を救う為に二人に力を貸して欲しいと懇願する。怪しげな男女をシェルターへと招き入れる親子。やがて、事態が大きく動き出し、今まで知らなかった驚きの事実が次々と発覚する。はたして、彼らは何者なのか―。
完璧な容姿と知性、圧倒的な戦闘能力を持つ暗殺者エヴァ。ある日、極秘の潜入任務に臨むが、組織から事前に与えられていた重要な情報に誤りがあり、エヴァの正体に気づいた敵と熾烈な銃撃戦になってしまう。辛くも生き延びたエヴァは、関係者の中に自分を陥れようとしている存在を疑い、組織へ不信感を募らせていく。そんなエヴァに、秘密裏に始末しようする最強の殺し屋“サイモン”の魔の手が迫っていた…。