ある朝、ムーミントロールが起きると、空や川、木や地面、そしてムーミンハウスまで、ムーミン谷の何もかもが灰色になっていた。ジャコウネズミさんに聞いてみると、「空から恐ろしい彗星が地球にやってくる前ぶれだ」と教えてくれた。ムーミンパパとムーミンママは、彗星について調べるために、ムーミントロールとスニフを天文台に行かせることにした。ガーネットの谷の化け物を倒し、荒れ狂う地下の川を下って、岩を上り、遂に天文台にたどり着く。天文学者は計算によって恐ろしい彗星が、あと4日と4時間4分44秒後にやってくると予測。家に帰ればきっとパパとママがなんとかしてくれる!4日後の日曜日までにムーミン谷へ帰らなければ!迫り来る彗星が到着するまでに、ムーミントロールたちは、無事ムーミン谷へたどりつくことができるのか?
1945年、第二次世界大戦後のドイツ。ドイツ系アメリカ人のレオ・ケスラーは、父の祖国であるドイツの戦後復興の一端の担い手になりたいと、単身でドイツにやって来た。叔父の助力でドイツの大鉄道会社ツェントローパに就職し、寝台列車の見習い車掌として汽車に乗り込むことになる。いつものように汽車に乗り込んだレオは、走る列車の中で、同乗していたフランクフルト市長夫妻の暗殺事件に遭遇する。犯人はレオが乗せたふたりの少年で、ナチス残党が組織する地下組織<人狼>の刺客だった…。