ホローマン高校の卒業を間近に控えた男子生徒クエンティン。彼は、殺人カルト教祖だった初代校長、故ダンフォースを祖父に持つという、誰にも言えない秘密を抱えていた。しかしある放課後、歴史教師のマイヤーズにその秘密を暴かれてしまい、祖父の形見である金のコインを奪われてしまう。すると突然、学校が大きな地震に襲われ、プロムの準備に追われていた生徒や教師たちは大混乱。唯一、学校に何が起きたのかを悟ったのは、寡黙な清掃員オーティスだった。クエンティンと仲間たちは脱出を図るが、不思議にもドアや窓は一切開かず、外に出られない。さらには延々と続く廊下や、縮んでいく教室など、校内のあちこちで起きる不可解な現象が現れ始める。
1年前、女子社交クラブの寮が全焼したことから、寮代わりに使われているミス・マーゴの家。だが、その家では失踪事件が起きたり、不気味なものが見えたりするなど、不可解なことが頻発していた。ある日、社交クラブに入会するため、ダリアら4人の新入生は、いくつかの入会儀式をさせられていた。そんな時、寮を訪れた私立探偵のハモンドは、ひと月前にこの寮から失踪した女子学生マリリンの捜索にやってきていた。そしてハロウィーンの夜、女子寮では男子も参加するパーティーが開催され、浮かれ気分の学生たちを眺めながら、ミス・マーゴは不敵な笑みを浮かべていた。
幾度ものシャークネードとの戦いで、全てを失ったフィン。悲しみに暮れる彼の前に現れたのは、未来からやって来た息子ギルだった。フィンは平和な時を取り戻すために、ギルの手配で時間旅行へと旅立つ。彼に与えられた使命は、過去のあらゆる時代で発生したシャークネードを壊滅すること。原始時代に到着したフィンは、元祖シャークネード１号と対峙するが、凶暴な恐竜にも襲われ苦戦を強いられる。絶体絶命の窮地の中で現れたのは、死んだはずのノヴァとブライアン。彼らもまたギルに救われ、再びシャークネードと戦っていたのだ。彼らは力を合わせてシャークネードに挑むが、時空を超えた戦いはまだ始まったばかりだった―。
一連のシャークネード撃退の活躍により、フィンはＮＡＴＯによるシャークネード戦略会議に召集され、妻エイプリルと息子ギルを連れてロンドンのＭＩ６本部を訪れていた。一方、対シャークネードの秘密組織を結成したノヴァは、ストーンヘンジの洞窟でかつて人類がシャークネードとの戦いに使ったといわれる秘宝「デュークワカ（鮫の神）のハーネス」を発見する。しかし、ノヴァがハーネスを持ち出した途端に巨大なシャークネードが発生。ロンドンへと向かったシャークネードは人々を襲い、ギルも鮫の渦に呑み込まれてしまう。フィンとエイプリルは、ギルを救うためにシャークネードを追跡するが・・・。
