ポニーたちの楽園“エクエストリア”が突然テンペストシャドーに襲われ、プリンセスたちは動きを封じられてしまう。なんとか逃げ出したトワイライトは、ピンキーパイ、アップルジャック、レインボーダッシュ、ラリティ、フラッターシャイと一緒に、みんなを救うために旅に出る。道中たくさんの新しい友達との出会いと別れを経験しながら冒険を進めていく彼女たち。果たしてエクエストリアを助けることはできるのか！？
知的で腕利きの殺し屋ビクター(ビル・ナイ)は、贋作を使いギャングから大金を騙し取った詐欺師ローズ(エミリー・ブラント)の殺害を依頼される。ビクターは1日中ローズを付け狙い何度も暗殺を試みるが、その都度邪魔が入り中々ローズを仕留められない。しびれを切らしたギャングのボスファーガソンは自らの部下にローズの始末を命令した。邪魔の入らない駐車場で、ビクターがやっとローズを撃とうとしたその時、ギャングの部下が現れ同じくローズを狙っていた。何を血迷ったのか、ビクターはギャングの部下を撃ち殺し結果としてローズを助けてしまう。ビクターはもう一人のギャングの部下にローズ共々捕まってしまい、絶体絶命の危機に陥る。そこに偶然居合わせたただの一般人トニー(ルパート・グリント)のおかげでピンチは脱したものの、ギャングと、さらに新たに雇われた殺し屋に追われる事になってしまう・・・。
