ある日、ガオガオさんが発明したモグール号に乗り込んだしまじろうたち。突然動きだしたモグール号が行き着いた先は、なんと砂漠でした。途方に暮れていると、そこに現れたのは一人の元気な女の子「ココ」。ココは砂嵐ではぐれてしまったお母さんをずっと探しているというのです。しまじろうたちは、ココと一緒にお母さんを探す旅に出ることにします。途中、砂漠には危険がいっぱい。はたして、しまじろうたちは困難を乗り越え、ココのお母さんを見つけ出すことができるのでしょうか。
ある日、不思議な木の夢をみたはなちゃん。その木はなんだかくるしそう。もの知りのガオガオさんの話ではそれは霧が島にある、雲よりも高い「マザーウッド」という大きな木。しまじろうたちはガオガオさんのきぼう号に乗って霧が島に向います。そこでマザーウッドの木に住むふしぎな人たちに出会い、マザーウッドを助けに来たことを告げます。そんなとき、いじわるなクモのきょうだいにはなちゃんがさらわれてしまいました。果たして、しまじろうたちは無事にはなちゃんを助けることができるのでしょうか？
ケガをした赤ちゃんクジラ「くうちゃん」を助けた、しまじろう。お母さんのもとに帰りたがっているくうちゃんのお世話をすることで、心を通わせていきます。安全だからという理由で、水族館に送られそうなくうちゃん。水族館に入ると二度とお母さんに会えなくなることを心配し、しまじろうたちは、くうちゃんをお母さんのもとに送り届ける旅に出ます。向かうは、くうちゃんのお母さんのいる遠い海。しまじろうは、無事にくうちゃんをお母さんに会わせることができるのでしょうか。ＴＶ番組「しまじろうのわお！」は２０１３年度「Ｗｏｒｌｄ Ｍｅｄｉａ Ｆｅｓｔｉｖａｌ（ドイツ）」Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ部門 ＧＲＡＮＤ ＡＷＡＲＤ受賞。
ある日、しまじろうたちの住むちゃれんじ島の花がみんな枯れてしまいました。その原因を知る花の姫フフと出会ったしまじろうたちは、協力してフフのお母さん、「七色の花」の救出に向かうことに・・・。
