クリスマス・イブの日、アラスカのアメリカ陸軍基地に勤務する地質学者マイケルは家族と共にフェートン山へ、モミの木探しに出かける。しかし、その最中に突如として群発地震が発生し、地面に大きな亀裂が生じる。調査を進めるうちに、マイケルは溶け出した永久凍土から大量のメタンガスが漏れ出していることを突き止める。このままでは、地底に蓄積されたメタンガスが大噴出し、壊滅的な被害をもたらす可能性があるとして、マイケルはこの未曾有の危機を阻止するために奔走するのだが…。
ある日突然、猛烈な放電と竜巻をまき散らし、接触したあらゆる物体を粉砕・ガス化してしまう巨大な赤い大竜巻が各地で発生。アメリカではニューヨーク、ボストン、ワシントンDCにかけて街が消滅。そんな時、とある田舎町では救助活動に奔走する高校教師ジェイソンが、道中に救出した素粒子物理学者キャロリンから驚くべき事実を知らされていた。それは、この嵐の猛威を止めるためには、ジェイソンの息子ウィルが偶然にも発見した、素粒子分解装置がカギを握るということだった。
ぐっすりと眠る恋人コーディに寄り添ったアートは、彼女が意識を失っていることに気づく。病院に運び込まれたコーディは過剰な薬物の服用により昏睡状態だった。恋人コーディを救うためアートは顔なじみのハーベイに会い、彼が以前見つけた「タイムマシン」に乗り込む。半信半疑のアートだったが、試しに「コーディが病気になる前へ」と唱えてみる。すると次の瞬間、彼はある学校の体育館にいた。そしてそこにはなんと元気なコーディの姿があった。タイムトリップに成功した彼は現在のコーディを救うべく、過去のコーディとの接触を試みるが・・・。
