イナズマジャパンと新生イナズマジャパンのエキシビジョンへＬＢＸの集団が襲撃。スタジアムを破壊する彼らを追いかけてきたのはバンたちＬＢＸプレイヤーだった。決して出会うことのない二つの世界が交差するとき、サッカーｖｓＬＢＸのかつてない激闘が幕を開ける。
サッカー管理組織・フィフスセクターから自分達のサッカーを取り戻すべく闘い続ける天馬たち。彼らがフィフスセクターに連れてこられた謎の島は強力な化身を使いこなすプレイヤー「シード」を生み出す訓練施設がある『ゴッドエデン』だった！強制的に白竜率いるシードのチームとの試合が開始されるが圧倒的強さの前に雷門イレブンは大敗してしまう。超絶化身バトルの中で、雷門イレブンの絆“魔帝グリフォン”は勝利を掴めるのか！？
