1962年10月16日、ソ連がキューバに核兵器を持ち込んだという衝撃の知らせがJ・F・ケネディ大統領の寝室に届く。大統領は直ちに緊急の危機管理チームを招集。会議では軍部がキューバへの空爆を提案するが、核戦争という最悪の事態を避けたい大統領は、本音を打ち明けられる弟の司法長官ロバート、親友の大統領特別補佐官ケネス・オドネルとともに最善の手を探っていくが……。
余命３ヶ月の宣告を受けたＣＩＡの腕利きエージェント、イーサン・レナーは、疎遠になっていた元妻クリスティン（コニー・ニールセン）に会いにパリへやってくる。娘のゾーイ（ヘイリー・スタインフェルド）と５年ぶりに再会したが、年頃の娘と話が噛み合わず、翻弄されるイーサン。謎の美女ヴィヴィ（アンバー・ハード）が突然、イーサンの前に現れ、延命できる試薬と引き換えに、核兵器を闇取引している黒幕ウルフを殺すよう最後のミッションを強要する。イーサンは、悪党を殺すか、死ぬかの選択を迫られる。
