１６世紀フランス。ミシェル・コラースという名の馬商人は、妻子と共に幸せに暮らしていた。そんなある日、彼は手塩にかけて育てた大切な馬を、理由もなく領主に横領されてしまう。不当だと訴えるも却下され、それどころか彼の態度に気分を害した領主の指示で、妻は暴行され、死んでしまう。復讐に燃える彼は、同じように横暴な領主の支配に苦しむ仲間たちを集め蜂起し、命がけの戦いを決意するのだった。
サムは自分の名前もわからず地下鉄で意識を取り戻し混乱していた。警察には指名手配犯として拘束されそうになり、辛くも逃げ延びる。サムはポケットに入っていたショップカードのレストランへ辿り着き、逃げ込んだトイレでノートを発見する。そこには「これを読んでいる君が、このノートを読むべき正しい人であってほしい。僕は自分の記憶がなくなる前に、このノートを書いている。右の頬骨に金属プレートが入っていたら、君は僕なんだ。」から始まる走り書きが残されていた。サムは同じく記憶を失くして警察に追われている少女ララと出会い、自分たちが置かれている状況を理解しようと奔走する。ノートを読み進めていくうちに、コーポレーションＸ社という青少年更生施設と、Ｘ社が扱うリハビリプログラムの存在が浮かび上がってきて――。
