一年ぶりに神室町に戻った龍也は、神室町を我が物顔で歩く大阪の地下格闘技団体「阿修羅」の存在を知る。阿修羅に抵抗するドラゴンヒートの誠・信司・保や、看護師の彩と出会い、再びその運命が大きく変わることに。
原作ゲーム「クロヒョウ 龍が如く新章」の迫力あるアクション、男気はそのままに、さらに各キャラクターづくりに徹底的にこだわり、彼らの人間ドラマを深く熱く描く。主人公である右京龍也は、ある殺人事件の容疑の無実を証明する為に戦い続け、真実を追い求めていく。過去を乗り越え、成長すると同時に、家族や仲間達との絆が紡がれていく。さらに、ゲームには登場しないドラマオリジナルキャラクターによる、ドラマオリジナルストーリーが展開。ゲームでは味わえない興奮と驚きのドラマが待ち受ける！
捕縛された盗賊・野槌の弥平一味の小房の粂八（和田聰宏）は、かつて自分のお頭だった盗賊・血頭の丹兵衛（古田新太）が残虐な盗みを働いたと知り、それは偽者だと主張する。粂八が知っている丹兵衛は、“殺さず、女を犯さず、貧しき者から盗まず”という三ケ条を掟とする本格派の盗賊だった。粂八は密偵となって丹兵衛一味が潜伏しているという島田宿に赴きたいと平蔵（松本幸四郎）に願い出る。島田宿での探索が続く中、江戸では新たに丹兵衛の仕業と思われる盗みが発生するが…。
火付盗賊改方の同心・小野十蔵（柄本時生）は、盗賊・助次郎（窪塚俊介）の探索中、その女房おふじ（藤野涼子）が、助次郎を殺した現場に遭遇する。身重のおふじに同情した十蔵は、助次郎の死体を隠しておふじをかくまう。そのころ助次郎も加わっていた盗賊の頭・野槌の弥平を追っていた火付盗賊改方は、弥平一味の小房の粂八（和田聰宏）を捕縛する。すると、ほどなく仲間の小川や梅吉（波岡一喜）が十蔵を呼び出して、おふじを攫ったと告げ、おふじを救いたければ粂八を牢から逃がせと脅しをかけて来る。
