十七世紀中頃、過酷な弾圧が切支丹に加えられていた日本・九州肥前の地に、闇夜の中を日本人キチジローに案内されてひそかに渡来した二人のポルトガル人司祭ガルペとロドリゴ。彼らの渡来を喜ぶ隠れ切支丹の村人たちの希望となるが、弾圧の手は彼らに容赦なく襲いかかる。己の信仰を守るのか、村人の命を守るのか。愛のために、神に誓う決断へ一歩を踏み出すー。
大正７年、盲目の女旅芸人おりんは山間の阿弥陀堂で大男・平太郎と出会い、地蔵堂などを泊まり歩く奇妙な二人旅が始まった。ある日平太郎がいない間に、おりんは香具師仲間の別所彦三郎に帯をとかれてしまう。全てを見た平太郎は、ノミを片手に走り去る。２人は別れて旅を続けるが、後に再会し結ばれる。しかし、平太郎は別所殺しの殺人犯・脱走兵として追われていた。平太郎は逮捕され、おりんが初めてつかんだ愛もつかの間に終わる。
治兵衛は、妻子がありながら遊女小春と深く馴む。情死を案じた治兵衛の兄に、小春は治兵衛と死ぬつもりはないと話す。それを立ち聞きした治兵衛は、小春が心変わりしたと思い取り乱す。数日後、恋敵が小春を見受けするとの噂をに、治兵衛は悔し涙にくれる。見かねた妻のおさんは、小春の心変わりは、自分が頼んだことだと打ち明ける。そこへおさんの父が来て、おさんは離別させられる。治兵衛は、小春と網島の大長寺で心中する・・・。
太平洋に浮かぶ孤島にある日、本島三郎という１人の男が現れる。三郎は２０年前にもこの島にいたことがあった。アナーキストだった父と兄を憲兵に惨殺され、三郎は島でこきつかわれた。ある日三郎は、半死半生のまま大嶽に投げ込まれ、漁師に助けられる。再び島に現れた三郎は、美しい娘・亜矢と出会い、二人は恋に落ちるが、亜矢はかつて自分を虐待した大嶽の娘だった。意を決した三郎は大嶽に迫るが、亜矢が必死に父をかばう。
