3年前、異世界「きさらぎ駅」から奇跡の生還を果たした宮崎明日香（本田望結）。しかし、彼女の外見は20年前のまま――その異質な存在は、世間の冷たい視線と疑念に晒されることとなった。孤独と絶望に沈む明日香の前に現れたのは、ドキュメンタリーディレクターとして名を馳せる角中瞳（奥菜恵）。この運命的な出会いが、明日香の心に新たな決意を芽生えさせる。かつて命を懸けて救ってくれた堤春奈（恒松祐里）、そして異世界に取り残された者たち――彼らを助けるため、明日香は再び「きさらぎ駅」へと足を踏み入れる。果たして、彼女を待ち受けるのは救済か、それともさらなる絶望か。前作を凌駕する衝撃の展開に、あなたは息を呑む――！
大学で民俗学を学ぶ堤春奈（恒松祐里）は、卒業論文で十数年来、ネットで現代版“神隠し”と話題になっている都市伝説「きさらぎ駅」を題材に取り上げることにした。リサーチの結果、「きさらぎ駅」の原点となった書き込みの投稿者『はすみ』ではないかとされる葉山純子（佐藤江梨子）という女性の存在を知る。ようやく純子への連絡先を知り、数ヵ月にわたりメールでやり取りした結果、春奈は遂に純子と会う約束を取り付ける。指定された場所は「きさらぎ駅」の舞台となった路線にある一軒家。春奈を出迎えた純子はどこか影のある雰囲気を持つ女性。部屋へ案内され、早速、ネットで噂される『はすみ』本人との真偽を確かめる春奈に対して、純子はどこか謎めいた笑いを浮かべながらも春奈からの問いかけに静かに頷く。続けて、純子から「きさらぎ駅」へたどり着いた経緯、その後の出来事などを聞いた。その内容は春奈には到底信じられるものではなかったが、純子の話の中で春奈はなぜ純子だけが「きさらぎ駅」へたどり着くことができたヒントに気づく。純子の別れた春奈は自然に「きさらぎ駅」の舞台となった遠州鉄道の駅へ向かう。この選択が春奈の運命を大きく狂わせることになってゆく。
雑居ビルの４階に位置したデリヘル。バブルを彷彿とさせるような内装の部屋で、さまざまな女性が肩を寄せ合って客待ちをしている。入店したばかりのカノウはそれを見て、小学生の頃にクラス会でやった『カチカチ山』を思い出す。みんな可愛らしいウサギにばかり夢中になる。嫌われ者のタヌキになんて目もくれないのに。
田所サキは、父のトシフミ、母のサエコ、妹のフミと４人で暮らしている。どこにでもある、至って普通の家庭。よその家庭と違っていたのは、父がアルコールに溺れていることと、母が新興宗教の信者であること。田所家毎晩の一家団欒は、酔った“化け物”の介抱。毎朝家を出て仕事に行く時とは別人になって帰ってくる父を迎える日は、壁に掛けたカレンダーに赤いマジックで×印をつける精一杯のいやがらせをするのがサキの習慣だった。週末や夏休みも、記憶にあるのは酔った父の姿。プールに行く約束をしても、飲み仲間たちが家に押し寄せ、リビングはたちまち雀荘になってしまう。そんな中母はというと、せっせとお酒を作りながら、祭壇に向かって勤行。翌日、父は二日酔いでプールに行く約束はもちろん果たせず、酔っ払って床でクロールをしていた。クリスマスにサンタさんがやってくることを期待しても、2階のベランダから入ってきたのは酔って化け物になった父だった。
僕は、この街の能力がどうしようもなく好きだ 悲しみを消し去るために より正しい未来を見つけるために ただ、幸せを願うために 僕は、できるなら色々なことを、もう一度「リセット」したい 特殊な能力を持つ人々が約半数を占める＜咲良田＞。街を出ると能力は使えなくなるが、その力は＜管理局＞によって慎重に、監視・制御されていた。今まで平穏だった咲良田市のいたるところで“能力の暴発事件”が発生。咲良田の能力者たちを制御・監視する公的機関・管理局の対策室室長 浦地正宗（及川光博）の”一掃計画”によって、街から能力がすべて消滅してしまう。咲良田に能力があった記憶を持つ者は、世界中で浅井ケイただ一人となってしまった。みずからの過去に区切りをつけるため、ケイは初めて咲良田を出る。２年前に相麻がなぜ世界から消えなければならなかったのか？咲良田がどのようにして能力者の街になったのか？すべての謎を解き明かすケイを待っていたのは、能力の再生を賭けた浦地との対決だった。
能力者が集う閉ざされた街・咲良田を舞台に、忘れることができない「記憶保持」の力を持つ少年と「リセット」－世界を最大３日間巻き戻すことができる少女が“悲しみ”を消すために、過去をやり直し現実（いま）を生きる青春ミステリー。特殊な能力を持つ人々が約半数を占める＜咲良田＞。街を出ると能力は使えなくなるが、その力は＜管理局＞によって慎重に、監視・制御されていた。１７歳の高校生、浅井ケイは＜記憶保持＞の能力を持っていた。春埼美空は、世界を最大３日分巻き戻す＝＜リセット＞できるが、それはケイと共に行動することで初めて成立する能力だった。ケイは、自身の力がきっかけで２年前に死んでしまった相麻菫の再生を今も祈り続けていた。そんなケイの前に、＜モノを消す＞能力を持つ村瀬陽香と＜記憶操作＞を可能にする岡絵里が立ちはだかる。
