大学生のレイ・アンナ・タイラ・ハル・エイスケの５人は、それぞれの夢を追いかけながら学生生活を送っていた。しかし彼らには宇宙からの侵略者であるレプタリアンたちと戦うもう一つの顔があった。あるとき、邪悪な宇宙人ダハールの罠に落ち、消息を絶ったタイラを探し出すため、レイは３億３千万年前の地球へとタイムジャンプする。その時代、新たな文明の創造を計画していた地球神アルファは、ゼータ星の女帝ザムザが率いるレプタリアンを地球に招き入れていた。そこに現れたダハールの狙いとは何か。レイとタイラの運命は！？そして“地球神の文明計画”とは―。
ナスカ学園高校２年生のクラスメート５人組は、文化祭で発表する研究テーマに取り組んでいた。そんなある日、奇妙な事件に巻き込まれる。その事件の背後には「宇宙人」が関係しているらしく、しだいに、とてつもない「秘密」が明らかになってゆく…。超最先端リアル宇宙人情報満載の人類未確認エンターテイメント！
怪獣大国日本。清掃業で働く日比野カフカは、日本防衛隊のホープである幼馴染・亜白ミナとの再会をきっかけに諦めていた防衛隊を再び志すが、その矢先に強大な力を持つ「怪獣８号」に変身してしまう。後輩・市川レノの協力を得て正体を隠しながら、防衛隊員選抜試験、初の実戦と、かつての夢へ着実に歩みを進めるカフカ。しかし日常を揺るがすように、高い知能を持つ謎の怪獣によって防衛隊基地の襲撃事件が発生！絶望的な状況を前にカフカはある重大な決断を迫られる…。
国連管轄の特殊部隊「フラワーズ」のナンバー06こと冬月ハナは、ある任務の遂行のため江ノ島の公立高校に転入。任務対象であるクラスメイトの七瀬俊一に接近を図るが、時を同じくして、ある中年男性が俊一を訪ねてやってくる。さらにその中年男性を追うように、今度は在日米軍や、ひとりの少女が現れ……。
