大学生のレイ・アンナ・タイラ・ハル・エイスケの５人は、それぞれの夢を追いかけながら学生生活を送っていた。しかし彼らには宇宙からの侵略者であるレプタリアンたちと戦うもう一つの顔があった。あるとき、邪悪な宇宙人ダハールの罠に落ち、消息を絶ったタイラを探し出すため、レイは３億３千万年前の地球へとタイムジャンプする。その時代、新たな文明の創造を計画していた地球神アルファは、ゼータ星の女帝ザムザが率いるレプタリアンを地球に招き入れていた。そこに現れたダハールの狙いとは何か。レイとタイラの運命は！？そして“地球神の文明計画”とは―。
ナスカ学園高校２年生のクラスメート５人組は、文化祭で発表する研究テーマに取り組んでいた。そんなある日、奇妙な事件に巻き込まれる。その事件の背後には「宇宙人」が関係しているらしく、しだいに、とてつもない「秘密」が明らかになってゆく…。超最先端リアル宇宙人情報満載の人類未確認エンターテイメント！
ある日、父の形見の鉱石ラジオから聴こえてきた不思議な唄。その唄を忘れられない少女アスナは、地下世界アガルタから来たという少年シュンに出会う。2人は心を通わせるも、少年は突然姿を消してしまう。「もう一度あの人に会いたい」そう願うアスナの前にシュンと瓜二つの少年シンと、妻との再会を切望しアガルタを探す教師モリサキが現れる。そこに開かれるアガルタへの扉。3人はそれぞれの想いを胸に、伝説の地へ旅に出る―。
