少女失踪事件を調査するミカエルのパソコンをハッキングしていたリスベットは、ある電話番号に辿り着く。そこから衝撃の事実を導き出したリスベットは、謎を解くヒントをミカエルに伝えた。これを機にふたりはコンビで調査にあたることに。リスベットはこれまで、精神不安定という烙印を押され殻に閉じこもって生きてきた。後見人の性的虐待には想像を絶する復讐を果たしていた。そんな彼女もミカエルとは次第に心を通わせていく。
月刊誌『ミレニアム』の発行責任者ミカエルは、名誉毀損の裁判で敗訴し、職を離れることになった。そんな彼はある日、ヴァンゲルグループの元会長ヘンリックから、40年前に姿を消した姪ハリエットの事件の調査を依頼される。一方、ミカエルの身辺を調査する謎の女がいた。黒の革ジャンに鋲打ちのベルト、鼻ピアスというルックスで、名前はリスベット・サランデル。天才的なハッカー技術を駆使しあらゆる個人情報を収集していた。
