地球に優しい世界征服を企む秘密結社・鷹の爪団。戦闘主任の吉田くんの実家・島根でおみくじをひいたが全員「凶」で頭を抱える団員たち。一方、地球から遠く離れた機械生命体の惑星ゴゴゴは悪のネマール帝国に侵攻されていた。命からがら脱出したのはさえない中年男オキテマス・スマイルと娘のヨルニー。彼らの手に握られているのは伝説の救世主の居場所だった。予言に語られるその救世主は「青く輝く星に住む一人の尖がった耳の男」。そう、彼らが向かった先は、鷹の爪団の秘密基地だった…。
バカボン一家は、長男のバカボンと、自由人のパパにママ、そして弟のハジメちゃんの4人家族。東京の片隅で、毎日楽しく暮らしている。ところが、そんな一家の元に、不審な男達が次々と現れるようになる。その正体は、暗黒組織・インテリペリ。彼らはなぜか“バカボンのパパの本名”を知りたがっており、あらゆる方法でパパに近づくが、パパに翻弄されるばかりで一向に本名を聞き出せない。そこでインテリペリの総帥・ダンテは、息子のバカボンからパパの本名を聞き出そうと目論む。「子供と仲良くなるには、子供が一番だ。…特別な子供がな。」そうして召喚されたのは、地獄へと堕ちた「フランダースの犬」の主人公、ネロとパトラッシュの魂だった！狙われたバカボンの運命は？そして、バカボンのパパの本名に隠された秘密とは？天才バカボンと暗黒組織とフランダースの犬による、未曾有の戦いが始まる…。
