「弱虫ペダル ＳＰＡＲＥ ＢＩＫＥ 巻島裕介」春、総北高校に入学した巻島裕介。これまでたった一人で走ってきた彼は総北の自転車競技部に入部することで、自らの自由な走りで周囲から認められ、広い世界に羽ばたくことが出来る、と胸を躍らせていた。しかし、彼の独特なダンシング走法は、部の先輩たちから嘲笑され、走り方を直すように言われてしまう。「自転車は自由だ」と信じていた巻島は…。「弱虫ペダル ＳＰＡＲＥ ＢＩＫＥ 東堂尽八」オシャレであることがモットーの中学二年生・東堂尽八は、箱根の街に生まれ育った、老舗温泉旅館の嫡男。ある日、ロードバイクに乗る友人・糸川修作から自転車レースに誘われるも、ヘルメットで髪が乱れる理由から拒否。しかし試しに２人で競うように箱根の山を走ってみると、東堂の心の中にひとつの衝動が生まれ―。「弱虫ペダル スペアバイク それいけアラキタくん」箱根学園１年生ヤンキー、荒北靖友は今日も授業をサボり、校舎裏へ。そこで出会ったのは…。
母のように慕っていたシアンの死後、心を閉ざしてしまった人形パルムは、傷ついた女戦士コーラムから託されたトートの卵を抱いて旅に出ることに。旅の途中でパルムはさまざまな人間達と出逢い、心を通わせる…地底人のシャタとその仲間たち、シアンの面影をもつ心優しい少女ポポ。そして、パルムは地底世界タマスに行けば自分も人間になれることを知る。「ボクは人になるんだ。ポポのために…」しかし、託されたトートの卵には、地底世界を崩壊させる秘密が隠されていたのだった…！パルムが旅の果てに見るものは…!?
