21世紀初頭、ゴジラに地球を奪われた人類は、一部の人類を他恒星系への移住に送り出すも、計画は失敗に終わる。失意のまま地球へと帰還した人類を待ち受けたのは、二万年後の変わり果てた姿になった地球だった。あらゆる動植物がゴジラ細胞を持つ＜怪獣惑星＞と化した地球。そこに君臨するのは体高300mを超える史上最大のゴジラ＜ゴジラ・アース＞だった。ゴジラ討伐に執念を燃やす主人公ハルオは、人類の遠い子孫である種族フツアと出会う。ハルオたちは、フツアの双子の姉妹マイナとミアナの導きにより対G決戦兵器・メカゴジラの残骸が、増殖を続けていることを発見。残骸を構成するナノメタルを使って武装要塞都市＜メカゴジラシティ＞を起動させ、＜ゴジラ・アース＞に挑む。
人間の愚かな戦争は、世界を雪で覆い、確実に滅びへと向かわせていた。隆盛を誇った文明も加速度的に荒廃していき、人口も１０万人を切ろうとしていた。星すら見えないこの世界では、人々は地上で暮らすことも難しく、地下の集落に身を寄せ合って暮らしていた。かつて「屑屋」と名乗っていた男は、過去のある出来事がきっかけで「星屋」と名乗るようになり、“星の美しさ”を彼が訪れる集落の人々に伝えていた。その知識の深さとたたずまいから、いつしか、人は彼のことを“星の人”と呼び、敬うようになった。そして、世界を旅しながら、老いていく星の人には、ただ一つの心残りがあった……。星の人は、旅の途中行き倒れた集落で、レビ、ヨブ、ルツの三人の少年少女と出会う。星に興味を持つ彼らの姿を見ていると、かつて自身が若かりし頃に出会ったロボットの少女の面影が思い出されていく。彼女と出会った場所、そこは封印都市と呼ばれるところだった―
高校生の加藤勝は地下鉄での事件で命を落とした。しかし黒い謎の球体“ＧＡＮＴＺ”は、加藤をはじめ死んだはずの人間らを呼び出すと、“星人”と呼ばれる異形の敵との戦いを強いる。戦いの舞台は、大阪・道頓堀。そこは妖怪型の星人軍団であふれかり、阿鼻叫喚の地獄絵図と化していた。生きて帰るには、凶悪な星人軍団をすべて倒すしかない。次々と仲間たちが散っていく中、加藤は、たったひとりの家族である弟のもとへ還るため、壮絶な戦いに挑む……！
