とある山林で黒い液体に覆われた男が発見される。その男、工藤は数週間前から行方不明になっていた医療系企業の研究員であると思われた。警察の取り調べに工藤は告白する。再生医療を研究している工藤は、ガンに冒された恋人の卑弥子を救うために、同僚の天才研究者の螺子（ねじ）と３人で山中の保養所にこもり、人類にとって新たなる細胞の研究開発を行なっていた。しかし、卑弥子を救うはずのその細胞は、卑弥子の身体を乗っ取り、恐るべき暴走を始めたというのだ。そして、その背後には工藤と卑弥子、螺子の錯綜する恋愛感情があった・・・。
２０３３年、「大崩壊」と呼ばれる地球規模の天変地異が発生した。わずかに生き残った人類は、それぞれの文明を寄せ集め、小さなコミュニティを築く。１０００年後、それは「ヲ乃ガワ」と呼ばれる王国となり、国王が旧世界の情報を独占していた。ある日、考古学者月山（つきやま）ヲノガは１０００年前の地層から風化した携帯電話を発掘する。その基盤から旧世界に関する情報の復元に成功するヲノガ。そこにはヲ乃ガワの歴史を揺るがす、ある証拠が隠されていた。次々と犠牲を払いながらも、遺物探査機ネプカキや仲間とともに、国が隠蔽し続ける秘密に迫っていくヲノガ・・・。ミステリアスな弔屋（とむらいや）戸村チヌノの協力でたどり着いた先に待っていた驚愕の真実とは？そして人類の未来は？
