クリスマスを目前に控えた田舎町ノーマル。その夜、ミラー家の玄関に届けられた差出人不明のプレゼントの箱を次男のルディが開封。するとそこには、美しい街並みが広がるスノードームが入っていた。よく見ると、自然豊かなノーマルの町並みがミニチュアで再現されたものだった。何気なしにルディは台座のボタンを押したところ、それと同時に猛烈な地震が発生。町のメインストリートでは地割れが起き、死傷者も出てしまう。しかし異変はさらに続き、氷の隕石や巨大雪崩など、次々と町全体に天変地異が襲いかかるのだった。
ある日突然、猛烈な放電と竜巻をまき散らし、接触したあらゆる物体を粉砕・ガス化してしまう巨大な赤い大竜巻が各地で発生。アメリカではニューヨーク、ボストン、ワシントンDCにかけて街が消滅。そんな時、とある田舎町では救助活動に奔走する高校教師ジェイソンが、道中に救出した素粒子物理学者キャロリンから驚くべき事実を知らされていた。それは、この嵐の猛威を止めるためには、ジェイソンの息子ウィルが偶然にも発見した、素粒子分解装置がカギを握るということだった。
