男と女の二つの性器を持って生まれた少年。やがて彼は男性器を失い、女性へと変わっていく……。『樹の上の草魚』は、この不思議な運命を背負って生まれてきた少年と、彼に魅かれていく青年の、可笑しくも奇妙で、そして静かな愛の物語である。男と女の二つの性器を持つ少年・比呂司と、性的不能の青年・亘。静かに友情をはぐくむ二人だったが、やがて比呂司の男性器は離脱し、美しい女へと生まれ変わっていく。男の心、女の心の間で、戸惑い、拒絶しながらも、比呂司を受け入れていく亘。二人の友情がゆっくりと〈純愛〉に移り変わってゆく様が、静かな音楽、緑の光溢れる映像で綴られ、見るものを優しく包みこんでいく。
とあるアパートの一室にある「梁山泊プロダクション」。所属するのは、出歯亀評論家、横領評論家、性病評論家、出歯亀評論家、皮膚病評論家、反吐評論家・・・・俗物にして俗悪な面々であるが、ユニークで型破りな評論活動は次第に人気を集め、マスコミに引っ張りだことなる。しかし、文化人や主婦連、PTA等の良識派の面々はそういった評論家達の活動に眉をひそめ憎悪し、両者の対立は徐々に深刻化していく。そして、その日はやってきた。機動隊をも巻き込んでの俗物戦争が遂に開戦された!
人畜無害・温厚な鶴丸杉夫は、冷酷非道・極道を絵にかいたようなもう1人の自分、松夫に引きづられて、暴力団事務所に出入りすることに。しかしそれぞれの人格が現れている時の記憶は共有することが出来ない。気の弱い杉夫は、ニ重人格という病気を知りながらも組においてくれる渡会のために、シノギをこなしていこうと努力する。ある日、杉夫の所属する丹義会が美人演歌歌手・高いずみのショーを仕切ることになった。敵対する岩動組が妨害を仕掛けてくる中、いずみの身辺警護にあたった杉夫は、やがていずみと恋に落ちる。だが、いづみを抱くのはいつも松夫――。果たして、いづみは杉夫と松夫、どちらの自分を愛してくれているのだろうか……。
