世界的なテロ撲滅組織「ファントム」のスーパー工作員ブルース（ミラ・ジョヴォヴィッチ）は、生物兵器「ＤＭ85」を盗み出したテロリストを追っていた。密売現場に飛び込んできたフォン（ダレン・ワン）の特殊な才能を買ったブルースは、ブダペストに潜伏中の黒幕“鉄拳”を捕らえる特務にスカウトする。早速ブダペストへと飛んだフォンは、発明家ディンと助手LV、そして身分を隠して現地入りした香港インターポール捜査官ミャオミャオの４人で極秘チームを発足。人類の存続をかけた作戦に挑むことになったルーキー工作員たちは、世界を巻き込むデンジャラスなミッションに身を投じていく──!!
黒社会で密輸業をしているカイは、警察官である弟のチャオに長年、船乗りであると偽ってきた。カイの素顔を知らないチャオは父親の介護をしながら、兄への厚い信頼を寄せていた。ある日、カイと義兄弟のマークは、岡本率いる東京のヤクザ組織に麻薬の密輸をもちかけられるが、殺しと麻薬に手を出さないという信念を持つカイは彼らの誘いを断る。その結果、カイは組織内で対立するピージャの仕組んだ罠にはまり、チャオに逮捕されてしまうのだった。さらには父親も殺害され、カイは自分の正体を知ったチャオから絶縁される。それから数年後、出所したカイは堅気の道を歩もうとするが、弟が刑事であるカイを組織は放っておくはずもなく・・・。
