File #1 【ハウススタジオの怪】心霊現象に取り付かれたというアイドルの証言??そこには彼女に付きまとう霊が映っていた。その原因を調べるうち、調査団はとあるハウススタジオを突き止める。そこでは昔、アイドルに関連した死亡事件が発生していた……。File #2 【呪いのパワーストーン】「呪われているのかも知れない……」と言うアイドルが差し出した自撮りの心霊写真??その原因を調べるうち、調査団は彼女のストーカーから、ひとつのパワーストーンを手に入れる。……この石が呪いの原因なのか。File #3 【残された木箱】あるアイドルの同居人が心霊現象によって寝たきりになっているという……その原因を探る調査団は、かつてそのアパートで孤独死した老人がいたことを突き止める。そして、同居人のそばには謎の木箱が……これが呪いの原因なのか。File #4 【消えたアイドル】調査団の前に、「アイドルが行方不明だ」と言うマネージャーが現れる。調査団に渡されたビデオには、得体の知れない森を彷徨うアイドルが映っていた。森の場所を突き止めた調査団は、その場所での衝撃の過去に遭遇する。
関ヶ原の戦いより数年後、ようやく戦乱が忘れられようとする時代――徳川家康の側近である天海僧正は、幕府存続の為に強大な奴隷忍者軍団を形成し、関東一円を支配しようとしていた。一方、関ヶ原の戦いでは豊臣方に付き、逃走した忍びの集団が山奥に独自の村を築いていたが、その一つが疫病に悩まされており、その調査の為にくノ一たちを差し向ける……。くノ一のひとりである彩芽(あやめ)は、仲間であるサツキ、楓(かえで)と共に疫病の村に赴くが、そこで天海の手下である奴隷忍者軍団<邪門衆>と遭遇、彩芽は血を弾丸のように発射する忍法で撃退するが、それはくノ一VS邪門衆という戦いの火種となってしまった……。