初夏のある日、警察署に90歳を超えた一人の老人が甥っ子の刑事宛に訪れ、「人を殺した」と告白。老人は、太平洋戦争末期の特殊施設の話を始める。そこは、原爆開発を手掛ける博士や戦況を100%予知する男がいる、特殊機密施設。海軍の将校・蓬が、ハワイ生まれの日系人である米国の諜報員・津田を二重スパイとして雇い、施設に連れてくる。蓬は、ソ連に仲介してもらい、和平交渉を進めようと、日系ソ連人のソ連大使と陸軍将校の森本を施設に招こうと画策。方や米国は、津田の存在を怪しみ、同じく日系ハワイ人の田中を送り込む。
2020年、熊本を襲った豪雨から3か月。母の訃報を受けた孝之（中原丈雄）は22年ぶりに帰郷するが、仮設住宅で暮らす息子の文則（渡辺裕太）は、かつて自分を捨てた父に心を開こうとしない。幼馴染の宏一（三浦浩一）が営む旅館「三日月荘」もまた半壊の痛手を負っていた。女将の雪子（清水美砂）が再建を願う一方、父を土砂で亡くした宏一は前を向けず、災害は夫婦の間にも亀裂を生む。その頃、球磨川くだりの再開を信じて船頭を志す文則は、かつての同級生・樹里（篠崎彩奈）と再会。隣人の直彦（不破万作）と妻のさとみ（宮崎美子）は仮設から自宅に戻ることを決め、孝之も水害で荒れた田畑の開墾に希望を見出していく。「居場所ばなくしたら、自分で取り戻すしかなか」 河とともに生きてきた人々は、それぞれの歩み方で明日へ進もうとしていた――。
11歳の女の子・楓（田中千空）は、ある日突然授業中に倒れてしまい、「急性骨髄性白血病」と診断される。幼い楓にとって、抗がん剤治療や放射線治療は過酷でしかなかったが、隣のベッドで同じ病気と闘っている与志（海津陽）だけが唯一の心の支えだった。同じ頃、IT企業を経営する柳井健吾（崔哲浩）は最愛の娘を白血病で亡くしてしまう。経営者の健吾は仕事を優先せざるを得なかったが、娘を失ったことで、幸せだと思っていた家庭は崩壊へと向かってしまう。全てを失ってしまった健吾にとって、今や一通の手紙でのみ交流があった、見知らぬ女の子の骨髄ドナーになれたことだけが人生で唯一の誇れることだった。かけがえのない人を失いながら、それでも懸命に生きていこうとする一人の男と大人になった一人の少女（倉野尾成美）。異なる人生を歩みながら探し求めた、それぞれの「いちばん逢いたいひと」とは。。。
