広島県の西部、瀬戸内海島嶼部に位置する江田島市で生まれ、島から出ず生きてきた修司は、家の畑で父親が突然死した事にずっと責任を感じ、母と実家暮らしで、うだつの上がらない日々を送っていた。そんなある日、東京で映画監督として活躍している幼馴染の和也（武田航平）が、故郷の江田島を舞台に映画を撮る事をテレビで知る。そんな頃、二人が好きだった幸恵（咲妃みゆ）は妻子ある男と付き合っていたーー。３人の思いが交錯する中、映画の撮影が始まる
京都豊島区にある木造アパート「トキワ荘」。そこには“漫画の神様”手塚治虫（北村想）が住み、日夜、編集者たちが彼のもとに通いつめていた。向かいの部屋に住む寺田ヒロオ（本木雅弘）は、その様子を眺めながら、こつこつと出版社への持ち込みを続けていた。やがてトキワ荘を去った手塚治虫と入れ替わるように、若き漫画家の卵たちが次々に入居してくる。藤本弘／藤子・F・不二雄（阿部サダヲ）、安孫子素雄／藤子不二雄Ⓐ（鈴木卓爾）、石森章太郎（さとうこうじ）、赤塚不二夫（大森嘉之）、森安直哉（古田新太）、鈴木伸一（生瀬勝久）。また近所に住むつのだじろう（翁華栄）もトキワ荘に入り浸っていた。揃って『漫画少年』の投稿仲間だった彼らは、寺田を中心に“新漫画党”を結成。貧しい生活のなか、互いを励ましあい、漫画の未来について熱く語り合う日々が続く。なかでも一番年上の寺田は兄貴分的存在として若き彼らを静かに見守り、その視線は、赤塚の友人であり自分とはまったく異なる作風のつげ義春（土屋良太）にも向けられていた。そんなある日、『漫画少年』の出版社、学童社が突如倒産。これを機に、８人の仲間たちの進む道も少しずつ変化していく。どんどん売れっ子になっていく者。漫画からアニメーションへの移行を決意する者。なかには東京を去る者もいた。流行に惑わされず、黙々と自分の描きたい漫画だけを追い求めているように見えた寺田の心にも、徐々に迷いが生まれてくる。時代の激しい変化とともに、漫画家の卵たちの青春の日々にも、ゆっくりと終わりの気配が近づいていた――。
１９９９年１月某日、警備会社エステックに一本の電話が入った――。社長の大崎（筧 利夫）は、学生時代の先輩で寺の住職・小泉（芦川 誠）からの依頼を受け、精鋭チーム・第二警備隊を結成する。政治団体を標榜しつつもその実は指定暴力団・真政会の一味である護国大憂党は、寺の利権を狙って日々執拗な嫌がらせを繰り返してくる。大崎指揮のもと、隊長・高城（出合正幸）と中本（野村宏伸）を中心に、紅一点の佐野（竹島由夏）も加わり、大恩寺の警備警護にあたる隊員たちであったが、９月９日夜、ついに中本が凶弾に倒れてしまう・・・。
極道からはみ出した児島武士は、今のヤクザ社会と一線を引いた組を旗揚げする。自分が追い求めていた”任侠道”の世界を実現するために---------。しかし、それが目障りでしょうがない関山組と神野組が武士らを潰しにかかる。そこで関山組と神野組は刺客として、武士のかつての兄貴分であった岸上誠を送り込む・・・・。
