アメリカのとあるビーチで人間の死体が発見される。当初はサメに襲われたと思われていたが、検死の結果、死因は焼死である事が判明する。実は被害者は宇宙人に殺害されていたのだ。本格的な地球侵略を開始した宇宙人はマインドコントロールでサメを操り、町の人々は次々と犠牲になっていく。前門の宇宙人、後門のサメ!史上最大の危機を人類は乗り越えられるのか―。
息子テオと二人暮らしの元警官フランク。ある夜、シッターのベッツィに家を預け帰宅した彼が見たのは、血の海となった自宅トイレの中に引きずり込まれていくベッツィの凄惨な最期だった。家にサメらしき怪物がいると主張し、テオと庭でテント生活を始めたフランクだが、地元の悪徳不動産会社は勝手に家を売ろうと画策。内見に来たカップルもまた犠牲者となってしまう。自分の家以外でも同様の事件が起きていることを知ったフランクは、怪物「ハウス・シャーク」の駆除専門家という人物を探し出す。犠牲者は数を増していく中、ハウス・シャークとフランクたちとの奇想天外な戦いが幕を開ける!