21世紀初頭、ゴジラに地球を奪われた人類は、一部の人類を他恒星系への移住に送り出すも、計画は失敗に終わる。失意のまま地球へと帰還した人類を待ち受けたのは、二万年後の変わり果てた姿になった地球だった。あらゆる動植物がゴジラ細胞を持つ＜怪獣惑星＞と化した地球。そこに君臨するのは体高300mを超える史上最大のゴジラ＜ゴジラ・アース＞だった。ゴジラ討伐に執念を燃やす主人公ハルオは、人類の遠い子孫である種族フツアと出会う。ハルオたちは、フツアの双子の姉妹マイナとミアナの導きにより対G決戦兵器・メカゴジラの残骸が、増殖を続けていることを発見。残骸を構成するナノメタルを使って武装要塞都市＜メカゴジラシティ＞を起動させ、＜ゴジラ・アース＞に挑む。
地中深くから姿を現した＜ゴジラ・アース＞によって散り散りになってしまったハルオたち。ハルオを救ったのは、人類の生き残りと目される「フツア」の民、ミアナだった。フツアはこの地球で初めて出会った人型の生命体で、ミアナには双子の姉＜マイナ＞もいた。「フツアの神もゴジラに破れ、今は卵を残すのみ。挑むもの、抗うもの、すべて炎に呑まれて消える」という彼女らにハルオは、「これは、人類の手に地球を取り戻す、最後のチャンスなんだ」と語り返す。一方、ビルサルドの指揮官・ガルグは、フツアの持つ矢じりが“自律思考金属体＝ナノメタル”でできている事に気がつき歓喜する。それは、21世紀に彼らが富士山麓で「対ゴジラ決戦兵器」として開発するも、起動寸前で破壊された＜メカゴジラ＞を構成するものと同じ物質であり、その開発プラントが今もなお、残っている証だった。
巨大生物「怪獣」の出現と、その怪獣をも駆逐する究極の存在「ゴジラ」。人類は敗走を重ね、ついに地球脱出を計画。そして2048年、人工知能による選別を受けた人間だけが恒星間移民船・アラトラム号で11.9光年の彼方にある「くじら座タウ星e」を目指し旅立った。しかし、20年かけてたどり着いたタウ星eの地球との環境条件差は、人類が生存可能な環境と呼べるものではなかった。移民船に乗る一人の青年・ハルオ。ゴジラに両親を殺され、20年の間、地球に戻りゴジラを倒すことだけを考え続けていた。船内でハルオを中心とした「地球帰還派」は主流となり、地球を目指す。だが、帰還した地球は、既に二万年の歳月が経過し、地上はゴジラを頂点とした生態系による未知の世界となっていた。人類は地球を取り戻せるのか。そして、ハルオの運命は───。
