episode1「サンダーバード登場」太平洋のどこかにある美しい島、トレーシー島。そこは国際救助組織と名乗る秘密組織の本部がある。島の豪邸に住むジェフ・トレーシーに招かれたロンドンの新人エージェント、ペネロープと執事のパーカーは、パーカーの運転するロールスロイスFAB-1で島中を見て周る。そこで目にしたのは未来のマシン「サンダーバード」1号から4号だった！／episode2「雪男の恐怖」ウラン工場が立て続けに襲われる事件が発生。同時期にエベレストでは「恐怖の雪男」の目撃情報が相次ぎ、目撃者が行方不明になっていた。ジェフから依頼を受けたペネロープはパーカーとともにスキーコプターでエベレスト山脈を探検するが、ガイドに化けていた宿敵フッドが仕組んだ罠に嵌ってしまう。パーカーはウラン鉱山で強制労働させていた行方不明者たちと洞穴に囚われてしまう。ペネロープからの要請でサンダーバード1号で飛び立つスコットたちは、彼らを救助できるのだろうか？／episode3「大豪邸、襲撃」ロンドン近郊で大豪邸ばかりを狙い、貴重な品々を盗み出しては邸宅を爆破する連続強盗事件が発生。ペネロープは自分が狙われていると感じ、わざと家を留守にしてペネロープの住むクレイトン＝ワード邸に侵入させる。ペネロープとパーカーはロンドン塔で犯人を追い詰めるが、爆発寸前の時限爆弾のある場所に閉じ込められていた！
横浜に暮らす少女ノエルは、両親が離婚し、一緒に暮らす父親は仕事に忙しいため、ひとりぼっちで過ごさなければいけないクリスマスが大嫌いだった。ある日、そんなノエルが自宅に帰ると、そこにはサンタクロースが所属する「サンタ・カンパニー」という会社が広がっていた。驚くノエルの目の前で、トナカイのソリに乗って飛び立っていくサンタたち。クリスマスのさまざまなカラクリを知ったノエルは、サンタ・カンパニーへ入社することを決めるが……。
医療革命により、“死”を克服した昭和１１１年の東京―。大気汚染の広がる“アウトサイド”で薬物に溺れ怠惰な暮らしをおくる“大庭葉藏”は、ある日、暴走集団と行動する謎の男“堀木正雄”とともに特権階級の住まう感情７号線内“インサイド”への突貫に参加し、激しい闘争に巻き込まれる。そこで“ロスト体”に遭遇した葉藏は、不思議な力を持った少女“柊美子”に命を救われ、自分もまた人とは違う力を持つことを知る―。
21世紀初頭、ゴジラに地球を奪われた人類は、一部の人類を他恒星系への移住に送り出すも、計画は失敗に終わる。失意のまま地球へと帰還した人類を待ち受けたのは、二万年後の変わり果てた姿になった地球だった。あらゆる動植物がゴジラ細胞を持つ＜怪獣惑星＞と化した地球。そこに君臨するのは体高300mを超える史上最大のゴジラ＜ゴジラ・アース＞だった。ゴジラ討伐に執念を燃やす主人公ハルオは、人類の遠い子孫である種族フツアと出会う。ハルオたちは、フツアの双子の姉妹マイナとミアナの導きにより対G決戦兵器・メカゴジラの残骸が、増殖を続けていることを発見。残骸を構成するナノメタルを使って武装要塞都市＜メカゴジラシティ＞を起動させ、＜ゴジラ・アース＞に挑む。
地中深くから姿を現した＜ゴジラ・アース＞によって散り散りになってしまったハルオたち。ハルオを救ったのは、人類の生き残りと目される「フツア」の民、ミアナだった。フツアはこの地球で初めて出会った人型の生命体で、ミアナには双子の姉＜マイナ＞もいた。「フツアの神もゴジラに破れ、今は卵を残すのみ。挑むもの、抗うもの、すべて炎に呑まれて消える」という彼女らにハルオは、「これは、人類の手に地球を取り戻す、最後のチャンスなんだ」と語り返す。一方、ビルサルドの指揮官・ガルグは、フツアの持つ矢じりが“自律思考金属体＝ナノメタル”でできている事に気がつき歓喜する。それは、21世紀に彼らが富士山麓で「対ゴジラ決戦兵器」として開発するも、起動寸前で破壊された＜メカゴジラ＞を構成するものと同じ物質であり、その開発プラントが今もなお、残っている証だった。
巨大生物「怪獣」の出現と、その怪獣をも駆逐する究極の存在「ゴジラ」。人類は敗走を重ね、ついに地球脱出を計画。そして2048年、人工知能による選別を受けた人間だけが恒星間移民船・アラトラム号で11.9光年の彼方にある「くじら座タウ星e」を目指し旅立った。しかし、20年かけてたどり着いたタウ星eの地球との環境条件差は、人類が生存可能な環境と呼べるものではなかった。移民船に乗る一人の青年・ハルオ。ゴジラに両親を殺され、20年の間、地球に戻りゴジラを倒すことだけを考え続けていた。船内でハルオを中心とした「地球帰還派」は主流となり、地球を目指す。だが、帰還した地球は、既に二万年の歳月が経過し、地上はゴジラを頂点とした生態系による未知の世界となっていた。人類は地球を取り戻せるのか。そして、ハルオの運命は───。
