生後間もない息子を亡くした瑞波は、失意のなか、10年ぶりに故郷である熊本・八代に帰省する。瑞波は幼なじみの恵介と良太に久しぶりに再会し、３人で豪雨災害による傷跡が残る球磨川を巡り始める。川を前にして語られる、それぞれが「あのとき」見たもの。3人はそこで、不思議な現象を目の当たりにする。
2020年、熊本を襲った豪雨から3か月。母の訃報を受けた孝之（中原丈雄）は22年ぶりに帰郷するが、仮設住宅で暮らす息子の文則（渡辺裕太）は、かつて自分を捨てた父に心を開こうとしない。幼馴染の宏一（三浦浩一）が営む旅館「三日月荘」もまた半壊の痛手を負っていた。女将の雪子（清水美砂）が再建を願う一方、父を土砂で亡くした宏一は前を向けず、災害は夫婦の間にも亀裂を生む。その頃、球磨川くだりの再開を信じて船頭を志す文則は、かつての同級生・樹里（篠崎彩奈）と再会。隣人の直彦（不破万作）と妻のさとみ（宮崎美子）は仮設から自宅に戻ることを決め、孝之も水害で荒れた田畑の開墾に希望を見出していく。「居場所ばなくしたら、自分で取り戻すしかなか」 河とともに生きてきた人々は、それぞれの歩み方で明日へ進もうとしていた――。
売れない俳優の海野龍助（窪塚俊介）は、ミュージシャンの弟・虎太（RUEED）のいる故郷の横須賀へ数年ぶりに帰ってくる。彼らは、亡くなった父親の手紙を彼の友人マックスに渡そうとロサンゼルスからやって来たハーフの女性ナオミ（AISHA）と出会う。所在不明のマックスを捜す手伝いをする龍助と虎太は、その過程で幼いときに死んだと聞かされていたナオミの母親ヨーコの生存にまつわる情報もつかむ。彼らはマックスとヨーコの足取りを追うが、その前にヤクザや元海軍のアメリカ人らが立ちはだかる。
