元財務省の父の影響をうけていた高橋アサミ（加藤小夏）は、高校3年生にして、政治に対し人一倍強いイデオロギーを持っていた。それゆえ、政治経済の授業でも、疑問に思ったことを先生に問いかけ、論破するほど。やがてアサミはクラスメイトの安倍（北川尚弥）や中谷（定本楓馬）らと共に、少しでも自分たちのできることで未来を明るくしようと、衰退しつつある商店街で開催されるお祭りを盛り上げるべく、地元の若手新聞記者の荒畑（高橋健介）に掛け合いに行く。そしてその帰り道、アサミは元戦隊ヒーローとして活躍していたタレント議員の武藤（蒼木陣）と遭遇する。その出会いをきっかけに、小さな波紋は、やがて大きな波紋へと広がっていく…。
西暦二二〇五年、歴史の改変を目論む歴史修正主義者によって、過去への攻撃が始まった。時の政府により歴史の守護役を命じられた審神者（さにわ）は、かつての刀剣を目覚めさせた。歴史修正主義者が送り込む、時間遡行軍と戦うために。人の形をとったそれらを、“刀剣男士”という。天正十年六月二日京・本能寺。明智光秀が織田信長を襲撃した“本能寺の変”に、歴史改変の魔の手が迫っていたー。
