真実の愛を見つけた時にだけ咲く、神話の花“ハートオーキッド”。この幻の花を求め、世界を旅していた植物学者のジェニーは、ついに恋人のオーエンとその苗を発見。学会への発表に向け、二人で準備を進めていた。そんな中、ジェニーの母親から実家を売却するとの連絡を受け、荷物の片づけのためにハートオーキッドと共に故郷カリフォニアへ。今やリア充のジェニーだが、母校の前を通ると、やはり学生時代に受けた残酷な仕打ちが甦ってくる。憧れのシェーンからプロムに誘われたと思っていたのに、彼は何かと意地悪をしてくる彼女のアリソンと参加したという苦い思い出。そんなシェーンと、ひょんなことから再会。彼は母校の教師となっていた。
アメリカ独立記念日の7月4日。突然、地底、そして空から未知の物体が大群で地球に現れ、人類に攻撃を仕掛けてきた。世界各地が猛火に包まれ人々が大パニックに陥る中、田舎町の消防士で大統領サム・ガーネットの弟でもあるピート・ガーセットは地球外生命体研究組織S.E.T.Iのセリアと遭遇し、ディクソン空軍基地へと赴く。大統領の息子アンドリューと友人ニック、物理の天才高校生イライザも同じく基地を目指し、ピートらと合流する。一方、大統領はエアフォース1が撃墜されたものの奇跡的に生き延び、オタクハッカーのトッドとレニに出会う。しかし、そのことを知らない副大統領は代わって指揮を執り、エイリアンに向けて猛攻を開始するのだが…。
超密度星間物質を含む隕石が、地球を直撃。破滅をもたらす“ホワイトホール”の発生により、地球の自転は停止し磁気圏が消滅した。このままでは地球の半分は太陽に焼かれて燃えつき、半分は闇の中、凍結してしまう。情報機関エージェントのジョンと、科学捜査部のクロエは、ロスマン博士が提唱した“共鳴装置プロジェクト”の存在を知る。それは衛星システムにより人工の磁場を発生させ、地球の自転を再開させる計画だった。選ばれた要人だけを救おうとする政府高官の思惑と戦いながら、装置の再起動を目指すジョンとクロエ。果たして彼らは全人類を救うことができるのか？
