聖ゲネシウス大学で教鞭をとる天才宇宙物理学者のジニーン・マーカム教授は、古代から科学と宗教が戦い続けてきた「神はいるか」をテーマに講義をしようとしていた。その前日、彼女は夫のノエルと娘ローラと共に交通事故に遭遇、夫ノエルは亡くなってしまう。悲劇の中にいても神を否定するジニーンは、神を信仰する学生や司教とも対立。論争にどうしても勝ちたい彼女は、ある日、ジェシカという老女からの手紙を受け取る。ジェシカは高名な学者だったが、長らく消息不明だった。そんなジェシカが神の存在を否定できる証拠を持っていると伝えてきたことから、ジニーンは彼女のもとを訪ねるが…。
