宝島での激戦を終え、無事に科学王国へと帰還した千空たち。手に入れた石化装置で、コールドスリープしていた司を復活させることに成功。司は科学王国の仲間となった！そして、人類石化の黒幕・ホワイマンの本拠地が“月”であることを突き止めた千空たちは、月を目指す！このストーンワールドで、ゼロから宇宙船を作るビッグプロジェクトへと乗り出した。早速、世界中から宇宙船の素材を集める為、ペルセウス号で大海原へと飛び出した千空たち。復活液の原料となる大量のコーンを求め、最初の目的地・アメリカ大陸を目指す。勇気、結束、科学力、全てが試される大航海の先に、千空たちを揺るがす脅威が待ち構えていた――!!遂に、千空たちの冒険は世界、そして宇宙へ向けて動き出す！人類の未来を救う為、千空は仲間と共に全力で科学の道を切り拓いていく!!
日常的に怪獣が人々をおびやかす世界。怪獣を討伐する「日本防衛隊」への入隊を志していた日比野カフカは、いつしかその夢を諦め、怪獣専門清掃業で働いていた。「二人で怪獣を全滅させよう」かつてそう誓い合った幼なじみの第3部隊隊長・亜白ミナの活躍と、防衛隊を目指す後輩・市川レノとの出会いをきっかけに再び夢を追い始めるカフカ。しかしその矢先、謎の小型怪獣によって巨大な力をもつ“怪獣に変身”してしまう！『怪獣8号』と名付けられ日本中から追われる存在になったカフカは、それでも防衛隊員への夢を諦めず、怪獣災害に立ち向かうのだった――。
1990年2月、神戸市北区オリゴン村。児童養護施設で過ごしていた双子の少年ミギとダリは、ある日裕福で穏やかな老夫婦、園山夫妻に養子として迎えられる。しかしそれはふたりの少年「ミギ」と「ダリ」としてではなく、ひとりの少年「園山秘鳥」としてだった。二人は正体を隠し、園山秘鳥を演じながらオリゴン村に溶け込んでいく。一体何のために二人で一人の人間を演じているのか。そこには大きな秘密と恐るべき目的があった。
