はるか未来。更なる進歩を遂げた人類の科学力は、様々な生物の遺伝子を融合させ、新生命体「マトリクサー」を作り出した。人類への奉仕を目的に、特殊能力を与えられた「マトリクサー」。だがある時、人類と「マトリクサー」との間に、戦争が勃発。人類は、自らが作り出した力の前に成す術もなく、その結果、地上から姿を消した・・・。それから、300年。「マトリクサー」が支配する、荒廃した世界で、一人の人間の少女が、コールド・スリープから目覚めた。彼女は、父親が残した「センターに向かえ」というメッセージに従い、旅に出る事を決意する。人類再生のカギを握ると言われる伝説の地センター。西にある、その地を目指し、少女ヤクモの苦難の旅が始まった・・・。
主人公・パティの叔母・ジェーン・パイカは南の国のパームタウンで病院を開いている女医さんです。そのドクター・ジェーン・パイカの招きでパティは親元を離れパームタウンの小学校に転入します。パティがやって来たパームタウン、それはメイプルタウンからは想像もつかない、しゃれた感覚の街でした。南国らしく明るい太陽と青い空、街路樹、そして白い砂浜、広い海、港には、素敵な灯台と広々としたヨットハーバー、海岸通りには、かわいいレストランやカフェ、ブティックやお花屋さんが並びショーウィンドウにはパティがあこがれる素敵な小物でいっぱいです。パティの目から見ると、牧歌的なメイプルタウンと違って、そこはダイナミックに躍動する大都会に見えるのでした。
謎の少女・風祭華を守るため、ゲゲゲの鬼太郎が立ち上がった。迫る妖怪・鏡爺！日本各地へ飛ばされる仲間たち！そして、あらわれる最強の敵・ヤトノカミ。世界中が見守る中、日本全国から四十七の選ばれし妖怪たちが集う！絶体絶命の妖怪大バトル、ここに爆裂！謎の少女を狙う黒い影！立ち上がる鬼太郎の前に、妖怪・鏡爺の魔の手が迫る。日本全国へ散り散りに飛ばされる鬼太郎ファミリーは絶対絶命！そして再びよみがえる最強の敵は…。カギを握る少女・風祭華を守るため、日本中の妖怪たちが鬼太郎のもとに集結！史上最大の妖怪大バトルが今、はじまる！＜長＞「ゲゲゲの鬼太郎さん、私を助けてください…」妖怪ポストに手紙が届いた。差出人は風祭華。さいきん彼女の身の回りで怪奇な事件が起こっているのだ。だが鬼太郎たちが到着する直前、華は妖怪・鏡爺によって鏡の中にひきずりこまれてしまった。さらに鏡爺は、ネコ娘たちを全国各地へ吹き飛ばすと、鬼太郎を鏡の世界へ閉じ込めた！なんとか鏡爺を破り、鏡の世界から脱出する鬼太郎。しかしそんな中、遥か太古に閻魔大王が封印したはずのヤトノカミが、甦りはじめる。閻魔大王をも苦しめる、妖怪を超えた存在・ヤトノカミ。その復活の鍵を握るのが華だと知った鬼太郎は、彼女を守るため、日本を救うために立ち上がる！世界中の妖怪たちも注目する中、全国各地から日本妖怪47士が集結！ゲゲゲの鬼太郎史上最大の、見たこともない妖怪大バトルがついに始まる――！！
