天使と悪魔が手を取り合った聖魔和合から幾年もの時が過ぎ、悪魔たちは再び天使との戦いを始めた。天使軍は強力なメカを擁する新生悪魔軍に敗れ、指導者スーパーゼウスまでもが捕らわれてしまう。かろうじて逃れた天使たちは、お守りたちの住む天地球に潜んでレジスタンスになった。それから１０年、悪魔軍の侵略の手はついに天地球にまで及んできた。首都・テラサピエンスは破壊され、不気味なバイオ悪魔の手に落ちてしまう。しかし、まだ希望の灯は消えていなかった。伝説の勇者アンドロココの超聖理力（セントフォース）を受け継ぐ少年・フェニックスが生き残っていたのだ。彼は謎の飛行物体メカタートルから、悪魔軍の目的が巨魔界神ザイクロイド・アノドの復活だと聞くと、封印の鍵を握る石版を求めて旅に出るのだった…。
荒廃した世界に、ひたすら西に向かって旅を続ける少女がいた。彼女の名前はヤクモ、この地上でただ一人生き残った人間である。３００年前、隕石の衝突で都市は廃墟と化し、多くの人々が命を落とした。さらに科学によって作られた新生命体・マトリクサーが反乱を起こし、人類はついに滅亡したのである。そして３００年後、コールドスリープの深い眠りから覚めたヤクモが見たのは、マトリクサーの支配する世界だった。だが、西の地にあるという“センター”には、同じ人間の生き残りがいるかもしれない。人類はまだ滅んでいない…ヤクモはそう信じて旅に出る。お供を務めるのは、彼女の優しさに打たれて仲間になった三人のマトリクサーたち。暴れん坊のマシュラ、冷静で知的なサーゴ、大食いで力持ちのクータルだ。旅を妨害しようとするマトリクサーの将軍たちと戦いながら、ヤクモたちは遥かなる約束の場所を目指す！
ダーク・キングダムとの壮絶な戦いから二ヶ月が過ぎて、セーラー戦士たちは、ふつうの中学２年生の女の子として平和に生活していた。セーラームーンとしての記憶を失った月野うさぎも、大阪なるや海野たちとの楽しい学園生活を送っていた。しかし、ある日宇宙から飛来した隕石が、うさぎたちの運命を一変させることに…。ふたたび始まる過酷な戦いの日々。新たな敵の出現！そして、謎の少女、ちびうさや新たなセーラー戦士も現われる！魔界樹のエイルとアン、そしてブラックムーンと、今度の敵はダーク・キングダムよりも強い敵ばかり。しかし、ふたたび覚醒したセーラー戦士もさらにパワーアップして地球の平和を守るために戦う。そして、うさぎと地場衛の恋の行方も気になるところ。２人の恋をジャマする星十と夏美の銀河兄妹、さらに空から降ってきたうさぎそっくりな少女、ちびうさの正体は！？さまざまな謎を秘めて、ますますパワーアップしたセーラームーンの新たな闘いが今始まる！！
