未来都市のアイドルフェスに、クロノマスターたちが襲来。観客の楽しい時間が次々と奪われるなか、ステージに立つ三人組アイドルが魔法少女へと変身し、クロノマスター軍団に立ち向かう。
ダーク・ノスフィアが世界各地への総攻撃を開始し、東京の時間も停止の危機に陥る。強大な敵に立ち向かうため、クロノブレイバーズは五人の力を一つにして、新たな姿へと変身する。
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