夢の中でスフィンクスに呼びかけられた桃井あいは、武甕博士とともにエジプトへ向かう。そこで二人を待っていたのは、地球の運命を揺るがす驚くべき真実だった。
武甕博士の過去から、ゼロ・オラクルによる侵略がすでに始まっていたことが判明する。対抗組織WTAが動き出すなか、東京未来科学大学に謎のアンドロイド部隊が出現する。
謎の敵・クロぱんに狙われた大学生、赤井翔。桃井あいたちが救出に駆けつけるなか、絶体絶命の翔に秘められた力が動き始める。
シンガポールでナンパをする黄戸みなみに、謎の敵・クロみょんが迫る。桃井あいが救出に駆けつけ、街を巻き込む激しい戦いが始まる。
フランスで時空研究を続ける青山亮の前に、謎の敵・クロにゃんが出現する。桃井あいたちが救出に駆けつけ、研究所を舞台に激しい戦いが始まる。
ハワイで空飛ぶ自動車を整備する緑川健の前に、クロノマスターとその手下たちが現れる。桃井あいたち四人が駆けつけ、ハワイの各地を舞台に激しい戦いが繰り広げられる。
街の人々から「5秒間の出来事」が消える怪事件が続発する。捜査に乗り出した桃井あいは、盗んだ時間を売買する闇市「タイム・バザール」へ潜入するが、クロノマスターの罠が待ち受けていた。
クロノマスターに捕らえられ、クロノギアを奪われた桃井あい。仲間を救うため、クロノレッドは危険な時間闇市の地下基地へ単身突入する。
桃井あいたちの前に、謎の戦士シルバー・ナイトが立ちはだかる。クロノレッドは、すべての動きを停止させる恐るべき能力「ゼロ・アワー」に追い詰められていく。
「ゼロ・アワー」によって時を止められ、絶体絶命の危機に陥るクロノレッド。武甕博士が開発した新兵器を手に、シルバー・ナイトとの決戦に挑む。
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