西暦2977年。人類は宇宙に進出するまでの科学技術を得て、ロボットによる惑星開拓、食糧生産などでこれまでにない飽食の時代を迎えていた。宇宙海賊として地球全域にその名が知れ渡るキャプテン・ハーロックだけは地球を何者かが狙っていると感じていた…
第七惑星を出発した輸送船団が正体不明の円盤に攻撃された。地球はこれをハーロックの仕業と考え、彼を捕縛するためにハーロックが「大切な友から預かった」という少女・まゆをエサにおびき出そうとする。
侵略者からの飛来物で都市圏はパニックに陥っていた。その様子を台羽博士や彼の息子・正と共に見守っていたクスコ教授は、その飛来物が侵略者の打ち込んだペナントで、地球の占有権を主張する「印」なのだと直感する。
ハーロックに誘われたものの、彼が海賊ということもあり正はアルカディア号を降りた。その頃、クスコ教授はペナントに書かれた文字を解読し、首相たち政府高官にマゾーンが地球を狙っていること、彼女たちが地球を自分たちの第二の故郷だと思っていることを伝える。
アルカディア号のクルーになったものの、ハーロックは「今は何もしなくていい、ブラブラ遊んでいろ」と言うだけで正は戸惑うばかり。しかもクルーは皆、好き勝手に遊んでいるばかりで、正が持つアルカディア号のイメージとは正反対だった。失
「女王ラフレシア」…そう言い残してマゾーン兵士は自爆した。さらなる情報収集の必要性を感じたハーロックは、正の適正を確認するためにもマゾーンの戦闘艇を撃墜させ、その残骸をクルーに回収させる。そして残骸の解析結果から、マゾーンが古代の地球に干渉していた可能性を導き出すのだった。
宇宙から見た地球がおかしな反応を示していたため、ハーロックたちはその調査のために魔の三角地帯として有名なバミューダ海域へと向かった。海底でマゾーンが建設したと思われるピラミッドを発見したハーロックたちは、内部探査を行ってマゾーンが植物性の生命体であることを推測する。
ペナントとピラミッドから発せられた信号。それはマゾーン本体を誘導するものだった。直接対決を予感したハーロックは、アルカディア号を設計した親友の娘・まゆを守るのが使命だと再認識し、面会のために一度地球へと戻る。
捕虜の頭髪サンプルから、同様の樹液を持つ植物が古代遺跡周辺に分布していることを突き止めるドクター・ゼロ。そこでハーロックは古代遺跡とマゾーンの関係を解明するべく、正とヤッタラン副長に火焔土器の調達を命じる。
マゾーンが地球全土のジャングルで眠りについていることを確信したハーロックは、一度海賊島に戻ることを決意した。そこへ、南米で部下を殺されたアレルキアスが復讐戦を仕掛けてくる。その最中、相手のパイロット・ローラの顔を見た正が、一瞬ミサイルのトリガーを引くことをためらってしまう…。
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