「わしらは誰とも手を組まん!わしらが信じる神は一つ」(ヒ一族・父)妖怪の天敵であるヒ一族が現れ、妖怪たちを次々にぬいぐるみに変えていく。彼らを利用しようと近づいたぬらりひょんですら、問答無用とぬいぐるみにされる。そして仲間を救うため、ついに鬼太郎までもが犠牲になってしまった!残された目玉の親父はヒ一族を操る存在を倒すため、妖怪決死隊を組織するがみんな怖がってわずかな人数しか集まらない…。だが覚悟を決める親父の元に、なんとぬらりひょん配下の悪党妖怪が助けに現れた!
「ウハッ、俺はなんて女運が悪いんだよォー!」(ねずみ男)ねずみ男の前にまたもや現われた骨女。今度は人喰い家を住処にする妖怪:家鳴に従っており、人喰い家の餌となる人間集めを依頼する。ねずみ男はお金につられ、渋々悪事を手伝うことになる。最初は一戸建てぐらいだった人喰い家も人間を食べて成長し、すぐにペンションほどのサイズになった。そのため報せを受けて行方不明者を探す鬼太郎も気付かない。その後も人を食べて成長し、とうとうマンションの大きさにまで育ってしまった!
「私達は妖怪も人間も超えた、限りなく神に近い存在だわ!」(ハチャ)月に打ち上げられた無人探査機に平穏な時間を奪われたと怒る妖怪:赤頭は、たまたま探査機に潜り込んでいた妖怪:かぶそに知恵の実を与え地球に送り返した。彼らを目撃した話を聞いて急いで駆けつけた鬼太郎は、かぶその進歩に驚くものの夜も近いことから詳しい調査は明日に持ち越してしまう。だが一夜明けた翌日、鬼太郎が目にしたのは巨大な要塞のような建物を作り、ねずみ男とユメコを人質にして帝国を築いたかぶそたちだった!
「奴の炎は太陽のコロナと同じ、すごい高熱なんじゃ!」(目玉の親父)今、世間は妖怪ブーム。妖怪:ぬけ首は自分も人気者になっていると思い子供たちに聞くが、まったくの無名と知って怒りだす。メラメラと熱くなった頭部だけが飛んで鬼太郎のもとへ抗議に行くが、鬼太郎がわかる訳もなく今度は出版社に向かった。怒りで頭がすさまじい熱を放ち、頭を冷やす為の胴体を捜す鬼太郎たち。しかし胴体はTV局に売り込むためねずみ男が持ち去っていた。頭は熱気、胴体は冷気が増し続け、町は大変なことに!
「バカなことを、子供達を助けているのは私の方なのさ」(ケラケラ女)「ストレスで笑わなくなった子供に笑顔を取り戻す」という触れ込みで商売を始めるねずみ男。そこに行った子供たちは本人そっくりの妖怪:ヘンラヘラヘラと入れ替わっていた。調査を始めた鬼太郎はヘンラたちの後をつけ、本物の子供たちがいる異次元:笑いの世界へと侵入する。だが鬼太郎のいう事をきかず、家に帰ろうとしない子供たち。そこへ首謀者の妖怪:ケラケラ女が現れ「自分は子供達が笑える世界にしたいだけだ」と語った…。
「鬼太郎の弱点は人間、特に子供を信じきっていることだ」(ドラキュラ)ドラキュラに診断された結果、復活するには恐山にあるスーパー血液を手に入れなくてはならないと聞き、活動を始めた妖怪樹。子供たちを脅して鬼太郎にシビレ薬を飲ました隙に、妖怪樹の手下:南海吸血一族に恐山を襲わせる。改心した子供たちによって逃げ出す鬼太郎だったが、吸血綿に襲われミイラにされてしまった。一方、恐山ではなんとか南海吸血一族を退けることに成功したが、ドラキュラに隙を突かれスーパー血液を奪われる。
「あの二人は夫婦らしい…いや、間違いあるまい!」(目玉の親父)食べ物を載せた皿が宙を飛んで消えてしまう事件が起こった。その皿の後を追った鬼太郎は井戸へとたどり着き、事件の張本人である妖怪:皿数えを見つける。なんとか話し合いをしようとする鬼太郎だったが、皿数えは理由も説明せず戦いを仕掛け、あわれ鬼太郎たちは皿へと姿を変えられてしまう。そこへ井戸から妖怪:大入道が現れた。実は皿数えは力を失った大入道に食料となる皿を与えるため、人間たちから皿を盗んでいたのだった!
「村人たちめ、金儲けのために祭を利用しやがって!!」(水精翁)ユメコは訪れた田舎の村で少年・友彦と出会う。友彦は海で亡くなった両親が妖怪:猛霊はっさんに姿を変えて村のお祭りに現れることを切に願っていた。だが大人たちの堕落した神祭りを見て絶望した友彦は、立入禁止の島へ向かい行方不明となる。話を聞いた鬼太郎が島に向かうと、そこには人間の死体をローラーで猛霊はっさんへと変える妖怪:水精翁がいた。水精翁は祭りを汚した人間たちに罰を与えるべく、村に向けて津波を起こす!
「履物のあの世が、成仏できない霊で一杯になったのさ」(化けぞうり)タダシ少年は親に新しい靴を買ってもらうため、自分の靴と居候のハルコの大事なトゥシューズを捨ててしまう。捨てられた靴たちは動きだし、闇の中へと消えていった。翌日、町で巨大化した靴が暴れるという事件が起きる。駆けつけた鬼太郎だが、靴を一足だけしか捕らえられなかった。そこでこの一足を囮に待ち構えていると、鬼太郎の前に妖怪:化けぞうりが現れる。化けぞうりの目的は使える靴を捨てる人間に復讐することだった…。
「妖怪と…人間は……敵!死ね!!…敵…敵!!」(鬼巫女)半魚人と女王人魚の結婚式を祝福する鬼太郎ファミリー。だがそこへ女王人魚を狙った八百比丘尼の配下・鬼道衆が襲ってきた。なんとか一度は撃退したが、次の襲撃の際に現れた強力な霊力の持ち主:鬼巫女によって鬼太郎の魂は絵馬に封印され、女王人魚は連れ去られてしまう。その後、ねずみ男の活躍によって封印を解かれて復活、再び立ち塞がった鬼巫女と対峙する鬼太郎だが、なんと鬼巫女の正体はユメコ!はたして戦えるのか…?
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