「百鬼帝国…!恐竜帝国にかわって、新たな敵が出現したようだ」(早乙女博士)恐竜帝国が壊滅して一ヶ月、新ゲッターロボが完成した。ドラゴン号に搭乗するリョウとライガー号のハヤトは、シミュレーター訓練を開始。旧ゲッターの十倍のパワーに音を上げる。早乙女博士はポセイドン号のパイロットを、元気が知り合ったタフで豪胆な男ベンケイに依頼するが、争いを好まぬベンケイはそれを断る。
「人間どもを一人残らず百鬼一族に仕立てあげ、世界を征服するのだ!」(ヒドラー元帥)ブライ大帝率いる百鬼帝国は、メカ角を移植して人間を奴隷化し、兵士としていた。奴隷兵士には月に一度のエネルギーの補充が不可欠。その問題を解決するとともに、より強力なロボットを建造するため、百鬼帝国は早乙女研究所のゲッター線増幅装置を狙っているのだ。ブライ大帝の命を受け、メカ独眼鬼が姿を現す!
「今は動物たちを助けることが先だ!」(ベンケイ)百鬼帝国の牛面鬼はタンカー四隻を奪取、飛行可能に改造し、グラー博士立案のスカイタンカー作戦を決行する。早乙女研究所の周囲は、特殊添加物を加えたオイルを散布されて火の海と化し、その煙でゲッター線が遮断されてしまう。リョウとハヤトは残り少ないエネルギーで出撃するが、ベンケイは動物たちの救助を優先する。
「チームワークの乱れた三人が操縦するゲッターロボなら、簡単に倒せます」(白髪鬼)ベンケイはボールを探しに入った花畑で、花の精のような少女と出会う。彼女から、リョウとハヤトの二人が「ベンケイは生意気だ。痛い目に合わせてやる」と話していたと聞かされて間もなく、身の回りで不可解な嫌がらせが起こり始める。ベンケイはリョウとハヤトを疑うが、実は少女の正体は百鬼一族の白髪鬼だった。
「リョウくん、ハヤトくん。君たちの命を私にくれんかね」(早乙女博士)百鬼帝国のヒドラー元帥指揮のもと、暗黒鬼が濃縮ウランを強奪した。彼らは水爆地雷を製造して早乙女研究所近くに埋め、ゲッター線増幅装置を渡さなければ爆発させると脅迫してくる。早乙女博士は脅迫に屈すると見せかけ、リョウとハヤトをメカ暗黒鬼に潜入させ、操縦席の起爆スイッチを破壊する作戦に打って出る。
「誰にも怪しまれずに研究所へ出入りできる人間を、ひとり見つけてきました」(小竜鬼)ハヤトの姉アスカと婚約者の坂崎が、早乙女研究所を訪れた。ハヤトは二人を祝福するが、幸せも束の間、山岳写真家である坂崎は崖から落ちて重傷を負ってしまう。その深夜、坂崎は密かにゲッター線増幅装置に近付く。百鬼帝国の小竜鬼が彼を奴隷に変え、増幅装置強奪のためのポイントゲージを仕掛けさせたのだ。
「親父は日本一のパイロットだ、ミスするわけがねえ!」(ベンケイ)東京国際空港に着陸態勢に入った旅客機と、謎の黒いジェット機がニアミスを起こした。操縦ミスを疑われた旅客機の機長は、ベンケイの父・車大介だった。大介は一人でセスナを飛ばして調査に向かい、それを知ったベンケイもポセイドン号で後を追う。二人は秘密基地を発見するが、百鬼一族兵士に捕まってしまう。
「白骨鬼、娘を探してお前がその手で殺せ」(ブライ大帝)メカ白骨鬼が出現し、ゲッターポセイドンを圧倒して去ってゆく。その様子は、百鬼一族の訓練生の講習のためにモニターされていた。訓練生の一人・リサは白骨鬼の娘。彼女は優しさのゆえに教師の怒りを買い、裏切り者として追われることになる。逃亡の末に崖から落ち、ミチルに救われた時には記憶を失っていた…。
「待ちに待った嵐が来た!」(飛竜鬼)嵐の夜、石油コンビナートが百鬼帝国戦闘機部隊の空襲を受けた。出動したゲッターロボは戦闘機部隊との交戦後、妨害電波によってレーダーや通信装置を使用不能にされてしまう。何とか研究所に帰還するが、その研究所自体が飛竜鬼の用意した偽物だった。ゲッターチームを閉じこめ、本物の研究所を襲う作戦だったのだ!
「すぐ海上保安庁に打電するんだ、太平洋上に武装した島を発見したと!」(貨物船の船長)嵐に遭遇した貨物船が、必ず船が遭難するという魔の海域で謎の要塞島を発見した。貨物船は攻撃を受けて沈没。最後の通信を受け取ったゲッターチームは、その島こそ百鬼帝国の基地であると確信して出動。問題の海域で漂流していた遭難者を救助する。だが、遭難者は百鬼一族で、リョウが右腕を傷付けられてしまう。
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