ミコト姫の冒険からおよそ1000年後。ドリランドからハンターが姿を消し、タブー視される様になった時代に、ハンターに憧れる少年ハガン。家に代々伝わるドリルソードを発見したハガンは、次元の扉「真宝門(まほうもん)」を開けてしまい、ドリランドの別のワールドへと訪れてしまう。
カードとなったハンター・キバマルを1000年の封印から復活させたハガンは、真宝門に消えたハルカを必死で探すが、発見することは叶わなかった。そんな二人の前に現れたのは、唯一人1000年を生きてきたハンター・パーンだった。パーンは 1000年の間に起きた事件やハンターカードの謎を語る。
テルール。そこは、ドリランド世界の中央にあるという「黒い太陽」が照らす真宝王ゴードが支配する世界。ヒルデに捕まったハガン、キバマルは、ゴード城の玉座まで運ばれる。全てのハンターカードを自らの糧とするゴードは、キバマルのカードを捕食しようとするが、ハガンの機転で拘束を解き辛くも逃げ出す!
パーンの真宝力により、テルールから脱出し別の世界へとやってきたハガンとキバマル。そこは湯の郷の入り口だった。ハテナマークが浮かぶハガン達の肩に馴れ馴れしく手をかけて、エスコートする少女フェイリンによって二人は、温泉宿「湯楽」へと招かれる。そこは、ハンターたちがひっそりと営む温泉宿だった!
ゴードの野望を阻止するカギとなる3女神の復活を目論むハガンたちは、アゲハ神姫マチの神殿を目指す。だが、そこには古びた神殿を改装して作られた「魅惑の殿堂パリウッド」なるド派手な建物が待ち受けていた!愕然とするハガンたちが耳にしたのは女性の悲鳴。ハガンたちは、か弱き乙女を助けようとするが・・・。
慈愛の女神として人々に敬われていた月天使クララ。そのクララがゴードに捕らわれた今、ハガンたちは自分たちに出来る事、すなわち残る二人の女神を探す決意する。意外にもその手がかりを示したのはナガレであった。神殿から運ばれた女神像があるという、郷土資料館に向かう一行は・・・。
火属性最強と謳われる二人目の女神・マチのカードを開放したハガン。しかし、1000年ぶりの復活に気分がのらない女神マチは、ハガンたちに自分のテンションを上げろと無茶な命令を下す。傍若無人なマチにパシリとして扱われ、振り回されるハガンたち。だが、そんなマチの前に闇に染まったクララが立ちはだかる!
最後の女神ソフィアを探す為、荒野の世界へと来たハガン一行は、ワイルドと名乗るハンターと出会う。ワイルドの強さを見たハガンは、ワイルドに弟子入りを頼むがあっさりと断られた。女神同士の凄まじい戦いを見たハガンは強くなる必要を感じ焦っていたのだ。そこで、キバマルに稽古を付けて貰うが・・・。
顔にくっつけられたキノピーに我を忘れてパニックとなったキバマルは、一人あらぬ方向に走り去ってしまった。キバマルのキノピー嫌いを目の当たりにしたハガンたちは、キバマルを追いかけるうちにキノピーの里を見つける。里の中で固まったキバマルを発見するが、マシューとマシュネの兄妹に敵対心を向けられ・・・。
フェイリンの様子がおかしい。どうもこの先に進みたくない様子だ。事情を説明する前に結界を踏んだハガンたちは、見知らぬ空間に放り込まれた。そこは、かつてフェイリンが学んでいた真宝学校。1000年後の今も変わらぬ学舎の様子に懐かしいフェイリンだったが、どこか浮かない顔をしている。
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