人類とマトリクサーの最終戦争が勃発。 さらに宇宙から巨大隕石が衝突する。最終的には人類が滅びるが、神童博士は娘の ヤクモをハクバー内に300年後に目覚める様、コールドスリープ(冷凍睡眠)させ、望みを託す。マトリクサーのみの世界で荒れ果てている。目覚めたヤクモは人類唯一の生き残りとなる。 マトリクサーにとって人間は300年前に滅亡したはずの伝説の悪魔として言い伝えられているため、ヤクモは普通のマトリクサーからも迫害される。
ラナンキュラスとカードリアンは宇宙の戦士たちによって隕石に封印され、地球に衝突した。その衝撃で強大なエネルギーが「幼いヤクモ」と「マシュランボー」に融合する。カードリアン達はラナンキュラスを復活させる為、地球に侵略し、復活を妨げる「ヤクモ」を抹殺しようとしている。ヤクモは祈りの力によってラナンキュラスの復活を阻止しているが、かなり消耗してしまう。ヤクモの生命力が絶える時、ラナンキュラスは完全復活する。
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